公司因走私被查封时，员工赔偿的清算需根据具体情况分情况处理，核心结论如下：
若公司走私行为与员工无关，员工可主张合法劳动权益赔偿
根据《劳动合同法》第四十四条、第四十六条，公司被查封导致劳动合同终止的，员工有权要求公司支付经济补偿金（按工作年限计算，每满1年支付1个月工资）。若公司未依法缴纳社保、拖欠工资，员工还可主张补缴社保、支付欠薪及加班费等。
操作建议：员工应优先通过劳动仲裁或诉讼确认劳动关系终止事实，并提交劳动合同、工资流水、考勤记录等证据，要求公司支付法定赔偿。
若员工参与走私或明知公司走私仍提供协助，可能丧失赔偿资格
根据《刑法》第一百五十六条，与走私罪犯通谋为其提供贷款、资金、账号等便利的，以走私罪共犯论处。若员工被认定为共犯，公司可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同且无需支付经济补偿；若员工被追究刑事责任，公司还可主张其赔偿因走私导致的损失（如罚款、货物扣押损失等）。
操作建议：员工需自查是否涉及走私环节（如伪造单据、协助通关等），若存在风险应尽快向公安机关说明情况或委托律师介入辩护，避免刑事责任扩大化。
公司财产不足清偿时，员工赔偿的优先性
根据《企业破产法》第一百一十三条，公司破产清算时，员工工资、医疗伤残补助、经济补偿金等属于优先清偿范围（优先于普通债权，但劣后于担保债权）。若公司财产不足以清偿全部债务，员工可按比例受偿。
操作建议：员工应及时向清算组申报债权，并关注公司资产处置情况（如查封货物拍卖、账户资金划拨等），必要时可申请参与债权人会议监督清算程序。
特殊情形补充：若公司走私行为被认定为“情节严重”（如逃避关税超50万元、多次走私等），可能触发《刑法》第一百五十三条的刑事处罚，导致公司被吊销营业执照。此时员工需重点关注公司是否进入破产程序，若未进入破产，仍可直接起诉公司要求赔偿；若进入破产，则需按上述优先清偿规则处理。
总结：员工赔偿清算需结合自身行为性质、公司财产状况及法律程序综合判断。建议员工优先固定劳动关系证据，区分是否涉及走私共犯，并及时通过法律途径主张权益。如有具体案件细节（如走私方式、员工参与程度等），可进一步向我咨询，我会结合案例为您详细分析。