当公司申请破产清算时，员工的赔偿问题是一个核心关注点。以下是对此问题的详细解答：

一、员工是否有赔偿？

依据《企业破产法》及相关法律规定，公司申请破产清算时，员工的权益是受到法律保护的。在破产财产优先清偿破产费用和共益债务后，会优先保障职工的相关权益，包括所欠职工的工资、医疗及伤残补助、抚恤费用，以及应划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用和法定的补偿金等。

二、赔偿如何计算？

经济补偿金的计算主要是根据员工在本单位的工作年限来确定。具体为：

1. 每满一年，支付一个月工资的经济补偿；
2. 工作六个月以上不满一年的，按一年计算，即支付一个月工资的经济补偿；
3. 不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

这里的“月工资”是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

三、赔偿的支付顺序

在破产清算过程中，员工的工资和经济补偿等是处于优先清偿的地位。公司需要按照法定程序，用破产财产来支付这些款项给员工。如果破产财产不足以清偿全部债务，会按照法定的清偿顺序来进行分配，其中员工的权益是优先得到保障的。

四、员工应如何维护自身权益？

1. 关注破产程序进展：员工应密切关注公司的破产程序进展，以便及时了解自己的权益是否得到保障。
2. 配合债权登记和审核：在破产程序中，管理人会负责员工的债权登记和审核工作。员工应积极配合，并提供相关材料以确认自己的债权金额。
3. 参与破产财产分配：如果公司资产不足以清偿全部职工债权，员工应依法参与破产财产的分配，按比例获得清偿。
4. 及时办理相关手续：如果员工在破产期间找到了新的工作，应及时办理离职和社保转移等手续，以避免后续出现不必要的麻烦。

综上所述，当公司申请破产清算时，员工是有赔偿的。赔偿的计算主要依据员工在本单位的工作年限，并且员工的权益在破产清算过程中是优先得到保障的。员工应密切关注破产程序的进展，并积极配合相关工作，以维护自己的合法权益。