结论前置：单位让上半天班却扣全天工时是否合法，需根据具体情况判断，若单位有合法合理的规章制度且已履行告知义务，同时符合法律规定，则可能合法；若单位无法提供合法依据或违反法律规定，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断的核心依据
规章制度合法性：
- 单位需有明确的规章制度规定工时计算方式，且该制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并已向劳动者公示或告知。
- 若单位规章制度中明确规定了“上半天班按半天工时计算，扣半天工资”或类似条款，且该条款不违反法律强制性规定，则单位行为可能合法。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与单位之间约定权利义务的重要文件。若劳动合同中明确约定了工时计算方式，且该约定不违反法律强制性规定，则单位应按合同约定执行。
- 若劳动合同未明确约定，但单位规章制度中有相关规定，且已向劳动者公示或告知，则单位可按规章制度执行。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。单位安排劳动者上半天班，若未超过法定工时限制，且扣工时方式合理，则可能合法。
- 若单位扣工时导致劳动者实际工资低于当地最低工资标准，或违反其他劳动法律规定，则单位行为不合法。
二、可能的不合法情形
单位规章制度违法：
- 若单位规章制度中规定的工时计算方式违反法律强制性规定（如规定上半天班扣全天工资且无法提供合理依据），则该制度无效，单位行为不合法。
未履行告知义务：
- 若单位规章制度或劳动合同中未明确规定工时计算方式，或虽规定但未向劳动者公示或告知，则单位不得擅自扣工时，否则行为不合法。
扣工时导致工资低于最低标准：
- 若单位扣工时导致劳动者实际工资低于当地最低工资标准，则单位行为违反《中华人民共和国劳动法》关于最低工资保障的规定，不合法。
三、劳动者应对建议
查阅规章制度与劳动合同：
- 劳动者应首先查阅单位规章制度及劳动合同中关于工时计算方式的规定，了解单位扣工时的依据。
与单位沟通协商：
- 若对单位扣工时行为有异议，劳动者可与单位沟通协商，要求单位提供合法依据并解释扣工时原因。
向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：
- 若单位无法提供合法依据或违反法律规定扣工时，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
举例说明：假设某单位规章制度中规定“员工上半天班按半天工时计算，扣半天工资”，但该规定未经民主程序制定且未向劳动者公示。若单位据此扣员工全天工时，则该行为不合法。员工可要求单位提供合法依据，若单位无法提供，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
进一步思考：在实际操作中，单位扣工时行为是否合法往往涉及多个因素的综合判断。劳动者在遇到此类问题时，应首先了解自身权益及单位规章制度、劳动合同中的相关规定，再根据实际情况采取相应措施维护自身权益。若有问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律解答。