结论前置：小时工迟到一小时扣半天工资是否合法，需结合公司规章制度、劳动者行为及法律规定综合判断。若公司无明确合法规章制度支持或扣罚过重，则此行为可能不合法。
一、公司规章制度的合法性
规章制度需合法合理：
- 公司必须有明确、合理且合法的规章制度，该制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并向员工公示或告知。
- 若规章制度中规定了迟到扣半天工资的内容，并且符合上述条件，则公司有权依此执行。但即便如此，扣罚的合理性仍需进一步考量。
规章制度与劳动合同的一致性：
- 规章制度的内容应与劳动合同中的约定相一致，不得擅自变更劳动合同内容。若劳动合同中未约定迟到扣罚的具体条款，公司单方面规定迟到一小时扣半天工资，则可能构成违法行为。
二、迟到行为的性质与后果
迟到未造成经济损失：
- 若员工迟到未给公司造成直接经济损失，公司以迟到为由扣半天工资通常缺乏法律依据。此时，公司应通过其他方式管理，如批评教育、警告等，而非直接扣罚工资。
迟到造成经济损失：
- 若员工迟到确实给公司造成了经济损失，公司扣工资也需遵循法定程序和标准。根据《工资支付暂行规定》第十六条，扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。因此，迟到一小时扣半天工资很可能超出法定扣罚范围。
三、扣罚的合理性
扣罚金额需适度：
- 即便公司有合法规章制度支持扣罚，扣半天工资也可能因处罚过重而被认定为不合理。公司应确保处罚措施的合理性，避免过度处罚损害劳动者权益。
公平公正原则：
- 劳动者付出了大部分的劳动时间，仅因一小时迟到就被扣除半天的劳动所得，严重损害了劳动者获取劳动报酬的合法权益，违背了公平公正原则。
四、劳动者的权益保护
协商解决：
- 若劳动者认为公司扣工资行为不合理，可首先与公司协商解决。在协商过程中，劳动者可以提出自己的异议和理由，要求公司重新考虑扣罚决定。
投诉与仲裁：
- 协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据（如劳动合同、规章制度、工资单、考勤记录等）来支持自己的主张。
法律途径：
- 在极端情况下，劳动者甚至可以通过法律途径提起诉讼来维护自己的权益。法院将根据相关法律法规和案件事实来判决公司扣罚行为的合法性。
五、建议与操作指南
对于公司：
- 应依法建立和完善规章制度，确保内容合法、合理且经过民主程序制定。
- 在处理员工迟到等问题时，应遵循合法、合理、公平的原则，避免过度处罚。
- 建议设定合理的迟到扣罚措施，如迟到一次扣除一定金额，并确保该金额与迟到造成的影响相对合理匹配。
对于劳动者：
- 应了解自己的权益和义务，对用人单位的不合理规定有权提出异议并要求纠正。
- 如遇到权益受损的情况，应先与用人单位沟通协商；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁乃至提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，小时工迟到一小时扣半天工资是否合法取决于公司是否有合法有效的规章制度支持、迟到行为的性质与后果以及扣罚的合理性。公司应确保规章制度的合法性与合理性，而劳动者在遇到不合理扣工资行为时也应积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。