结论：在工伤认定书确定下来后，即使公司申请复议，您仍然可以做劳动能力鉴定，但需注意鉴定时机的选择以及复议结果可能带来的影响。
详细分析：
劳动能力鉴定的独立性：
- 劳动能力鉴定是依据《工伤保险条例》进行的，旨在评估工伤职工因工伤导致的劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度。这一鉴定过程相对独立于工伤认定的行政复议或诉讼程序。
- 工伤认定书是劳动能力鉴定的前提之一，但一旦工伤认定书确定下来，即表明工伤事实已经得到确认，此时进行劳动能力鉴定是合理的，也是必要的，以便确定工伤职工的伤残等级和相应的工伤保险待遇。
公司申请复议的影响：
- 公司对工伤认定书申请复议，是行政复议程序的一部分，旨在审查工伤认定的合法性和适当性。然而，这一复议程序并不直接阻止或延迟劳动能力鉴定的进行。
- 如果复议结果改变了原工伤认定书的内容（如撤销或变更工伤认定），那么已经进行的劳动能力鉴定结果可能需要根据新的工伤认定情况进行调整或重新鉴定。但在复议结果出来之前，劳动能力鉴定可以正常进行。
鉴定时机的选择：
- 虽然理论上在工伤认定书确定后即可进行劳动能力鉴定，但实际操作中，建议工伤职工在伤情相对稳定后进行鉴定。这是因为伤情稳定后，鉴定结果更能准确反映工伤职工的长期劳动功能障碍程度。
- 如果工伤职工在伤情未稳定时进行鉴定，可能因伤情变化而导致鉴定结果不准确，进而影响工伤保险待遇的确定。
复议结果与劳动能力鉴定的关系：
- 如果复议结果维持了原工伤认定书的内容，那么已经进行的劳动能力鉴定结果将作为确定工伤保险待遇的依据。
- 如果复议结果改变了原工伤认定书的内容，那么工伤职工可能需要根据新的工伤认定情况重新进行劳动能力鉴定，以便确定新的伤残等级和相应的工伤保险待遇。
建议：
- 在工伤认定书确定下来后，您可以咨询当地劳动能力鉴定委员会或相关医疗机构，了解具体的鉴定流程和要求，并在伤情相对稳定后及时进行劳动能力鉴定。
- 同时，您也应关注公司申请复议的进展情况，以便在复议结果出来后及时调整自己的行动策略。如果复议结果对您的权益产生影响，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
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