结论：公司股东上班不打卡，原来发的工资能否追回，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、股东与公司之间的法律关系
股东身份与劳动关系：
- 股东身份本身并不直接等同于劳动关系。股东是公司的出资人，享有公司股权，而劳动关系则是基于劳动合同或事实劳动关系产生的权利义务关系。
- 如果股东同时担任公司职务（如董事、监事、高级管理人员等），并与公司签订了劳动合同或存在事实劳动关系，则其与公司之间存在双重关系：股东关系和劳动关系。
工资发放的依据：
- 工资发放通常基于劳动合同或公司规章制度中的约定。如果股东与公司之间存在劳动关系，且公司按照约定发放了工资，那么这部分工资在一般情况下是合法的，不易被追回。
二、上班不打卡与工资发放的关系
打卡制度的作用：
- 打卡制度是公司管理员工出勤的一种方式，用于记录员工的工作时间、迟到、早退等情况。
- 然而，打卡制度并非工资发放的唯一依据。公司还可以根据其他方式（如工作成果、项目完成情况等）来评估员工的工作表现，并据此发放工资。
不打卡是否影响工资发放：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了打卡制度，并且将打卡情况作为工资发放的依据之一，那么股东不打卡可能影响其部分工资的发放（如全勤奖、绩效工资等）。
- 但如果公司并未将打卡情况作为工资发放的直接依据，或者股东能够通过其他方式证明其已履行了工作职责，那么公司可能无法仅凭不打卡就追回已发放的工资。
三、可能追回工资的情况
违反公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定了不打卡属于严重违反规章制度的行为，并且公司有权因此解除劳动合同或追回部分工资，那么在公司依法解除劳动合同或追回工资的情况下，股东可能需要承担相应责任。
欺诈或虚假考勤：
- 如果股东通过欺诈手段（如伪造考勤记录）获取工资，那么公司有权追回这部分工资，并可能追究股东的法律责任。
四、法律建议
审查公司规章制度和劳动合同：
- 股东应仔细审查公司规章制度和劳动合同中关于考勤、工资发放等方面的规定，以了解自己的权利和义务。
与公司协商：
- 如果股东对公司追回工资的决定有异议，可以尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，股东可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：公司股东上班不打卡，原来发的工资能否追回，需根据具体情况来判断。如果股东与公司之间存在劳动关系，且公司规章制度或劳动合同中明确规定了打卡制度及其与工资发放的关系，那么股东不打卡可能影响其部分工资的发放。但无论如何，公司都不能随意追回已发放的工资，必须依法行事。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。