停工留薪期工资按12小时工作制计算是否合法，需结合具体工资构成与法律规定综合判断，但核心原则是员工应享受与原工资福利待遇相等的薪资。以下从不同角度进行详细分析：
一、停工留薪期工资支付的基本原则
根据《工伤保险条例》的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”是一个综合性的概念，它不仅包括了职工的基本工资，还涵盖了奖金、津贴、补贴等各项福利，即职工在正常出勤状态下所能获得的全部收入。
二、12小时工作制与工资计算的关系
若工资构成仅包含基本工资：
- 在这种情况下，如果员工的工资是按照实际工作时间（如12小时工作制）计算的基本工资，且停工留薪期也按此标准支付，那么从表面上看，似乎符合“原工资福利待遇”的原则。但关键在于，这种计算方式是否真实反映了员工在正常出勤状态下的全部收入。
- 如果12小时工作制下的基本工资已经包含了员工因长时间工作而应得的额外报酬（如加班费、夜班津贴等），且这些报酬在停工留薪期也被相应扣除，则可能存在问题。因为停工留薪期应保障员工的基本生活水平不受影响，不应因工作时间的减少而降低工资待遇。
若工资构成包含多项福利：
- 在实际工作中，大多数员工的工资构成往往更加复杂，除了基本工资外，还包括了各种形式的津贴、奖金等额外收入。在这种情况下，单位若仅按12小时工作制下的基本工资支付停工留薪期工资，而忽略了其他部分的收入，则显然违反了《工伤保险条例》的相关规定。
- 员工应享受与受伤前完全一致的工资待遇，这包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有福利。
三、法律建议与维权途径
与单位沟通协商：
- 如果发现单位在停工留薪期仅按12小时工作制下的基本工资支付工资，员工首先可以尝试与单位进行沟通协商，要求其按照规定支付全额工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工有权向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对单位的违法行为进行调查处理，并要求单位补发工资差额。
通过劳动仲裁维护权益：
- 如果投诉仍未解决问题，员工还可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。劳动仲裁机构将依法对争议进行裁决，并保障员工的合法权益得到实现。
综上所述，停工留薪期工资按12小时工作制计算是否合法，并不能简单地以工作时间为标准进行判断。关键在于员工应享受与原工资福利待遇相等的薪资，这包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有福利。如果单位在停工留薪期仅按12小时工作制下的基本工资支付工资，而忽略了其他部分的收入，则显然违反了法律规定。员工应积极采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。