针对您提出的“劳动仲裁公司拿现金补偿员工社保是否违法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
结论：您与用人单位通过劳动仲裁和法院调解达成的以现金形式补偿社会保险费用的协议，在法律上是合法有效的。但关键在于协议的具体内容、履行情况以及后续操作是否合规，以确保您的权益得到充分保障。
一、法律依据与合法性分析
劳动仲裁的法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，当劳动者与用人单位因社会保险等事项发生争议时，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这是解决此类争议的法定途径。
法院调解的法律效力：
- 若双方对劳动仲裁结果不满意，或希望进一步协商解决，可以通过法院进行调解。法院调解达成的协议具有法律效力，双方必须履行。若一方不履行，另一方有权向人民法院申请强制执行。
现金补偿的合法性：
- 在劳动仲裁和法院调解过程中，双方可以协商约定用人单位以现金形式补偿劳动者应得的社会保险费用。这种补偿方式既是对劳动者损失的合理弥补，也是双方协商一致的结果，因此在法律上是合法的。
二、协议内容需注意的要点
现金补偿的具体内容：
- 协议中应明确用人单位以现金形式补偿您在职期间应缴纳的各项社会保险费用，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。具体金额需根据您的工资基数及欠缴时间准确计算。
协议履行的具体时间与方式：
- 协议中应明确约定用人单位支付现金补偿的具体时间和方式，以确保双方权益得到及时、有效的保障。
三、协议履行与后续操作建议
监督协议履行：
- 您应密切关注用人单位是否按照协议约定的时间和方式支付现金补偿。若用人单位未按时履行，您应及时向人民法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
保留证据的重要性：
- 在整个过程中，建议您妥善保留与用人单位的沟通记录、劳动仲裁裁决书、法院调解书以及任何与协议履行相关的证据。这些证据在日后可能起到关键作用，帮助您证明自己的权益。
个人社保补缴的建议：
- 虽然您已经获得了现金补偿，但如果您希望继续享受社会保险待遇，可能需要自行补缴个人部分的社会保险费用。建议您咨询当地社保部门，了解具体的补缴流程和要求。
四、寻求法律帮助
- 在整个过程中，如果您遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请务必咨询专业律师。专业律师将能够为您提供更准确的法律意见和有针对性的解决方案。
综上所述，您与用人单位达成的以现金形式补偿社会保险费用的协议在法律上是合法有效的。但请务必关注协议的履行情况和后续操作，以确保您的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师。