结论：员工被依法追究刑事责任后，用人单位当时未辞退，过几年再辞退是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若未在合理期限内行使解除权且无其他合法解除事由，则辞退不合法。以下从不同角度进行分析：

一、法律对员工被追究刑事责任后用人单位解除劳动合同的规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：“劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：……（六）被依法追究刑事责任的。”这一条款赋予了用人单位在员工被依法追究刑事责任时，享有解除劳动合同的权利。但关键在于，这一权利的行使是否受到时间限制。

二、解除权行使的合理期限

虽然法律没有明确规定用人单位在员工被追究刑事责任后必须在多长时间内行使解除权，但从法律原则和公平合理的角度出发，用人单位应在合理期限内行使这一权利。如果用人单位在员工被追究刑事责任后长时间未采取行动，而是过几年后再以这一理由辞退员工，可能被视为对解除权的滥用或放弃，从而不合法。

三、具体案例分析

1. 若用人单位在员工被追究刑事责任后，及时知晓了相关情况，但未在合理期限内辞退：

   • 在这种情况下，如果用人单位过几年后再以员工被追究刑事责任为由辞退，员工可以主张用人单位的解除行为不合法，并要求用人单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。

2. 若用人单位在员工被追究刑事责任后，因不知情或未及时收到相关通知，过几年后才得知并辞退：

   • 即使在这种情况下，用人单位也需要证明其不知情或未及时收到通知的合理性，以及其在得知后立即采取了辞退措施。如果无法证明，或者辞退行为明显超出了合理期限，那么辞退行为仍然可能被视为不合法。

3. 若员工被追究刑事责任后，用人单位与员工协商一致继续履行劳动合同，或员工在服刑期间及服刑完毕后继续为用人单位提供劳动，且用人单位未表示异议：

   • 在这种情况下，可以视为双方以实际行为变更了原劳动合同的内容，用人单位再以员工被追究刑事责任为由辞退员工，显然不合法。

四、法律建议

• 对于用人单位：在员工被依法追究刑事责任后，应及时评估是否解除劳动合同，并在合理期限内行使解除权。如果决定解除劳动合同，应依法支付经济补偿金（如适用），并办理相关离职手续。
• 对于员工：如果被用人单位以被追究刑事责任为由辞退，且认为辞退行为不合法，可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。

最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此在实际操作中，还需要根据具体情况进行具体分析。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。