结论前置：员工工作三天未经允许自行离职，企业不发工资的行为是不合法的。员工有权要求企业按照实际工作天数支付应得的工资。
法律分析
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确了无论劳动者工作时间长短，也无论其离职方式如何（包括未经允许自行离职），用人单位都应支付劳动者已工作期间的工资。
劳动者权益：
- 劳动者在付出劳动后，有权获得相应的工资报酬，这是劳动者的基本权益。企业不得以任何理由（如劳动者未经允许自行离职）克扣或拖欠工资。
维权途径
若企业拒绝支付工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与用人单位协商：
- 员工应首先尝试与企业进行友好协商，明确表明自己虽然存在未经允许自行离职的情况，但依法仍有权获得已工作天数的劳动报酬。
- 在协商过程中，员工应清晰、诚实地说明自身情况和诉求，争取与企业达成和解，让其支付应得的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门进行投诉。
- 投诉时需准备好相关证据，如劳动合同（如有）、工资条（如有）、考勤记录（如能获取）、工作证（如有）等，以证明自己在企业的工作情况。
- 劳动监察部门接到投诉后，会介入调查并督促企业履行支付工资的义务。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，员工可以申请劳动仲裁。
- 申请前需准备好证明劳动关系存在、工作时间和工作量等材料，如上述提到的劳动合同、工资条、工作证、考勤记录（如能获取）等。
- 撰写劳动仲裁申请书，明确写明自己的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求（即要求用人单位支付拖欠的工资）、事实和理由等内容。
- 向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请及相关材料，并参与仲裁过程，陈述自己的主张和理由，提供相关证据。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁的结果不满意，员工可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，需要遵循民事诉讼的程序和规则，向法院提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。
特殊情况说明
- 若员工未经允许自行离职给企业造成了实际损失，企业有权要求员工赔偿。但这种情况下，企业应通过合法途径（如劳动仲裁或诉讼）来主张赔偿，而不是直接克扣或拖欠工资。
- 员工在维权过程中，应确保自己的行为合法合规，避免采取过激或违法的手段。
总结与建议
员工工作三天未经允许自行离职，企业不发工资的行为是不合法的。员工在维护自身权益时，应首先尝试与企业协商，协商无果后可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时还可以向法院提起诉讼。在整个过程中，员工应充分了解相关法律法规，确保自己的维权行动合法有效。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。