当用人单位发现员工的毕业证是假的时，通常会采取一系列措施来处理这一问题，这些措施主要基于法律法规和劳动合同的约定。以下是对此问题的详细解答：

首先，从法律法规的角度来看，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果劳动者以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同，那么该劳动合同将被视为无效或者部分无效。在这种情况下，用人单位有权解除与劳动者的劳动合同，并且不需要支付经济赔偿金。

具体到毕业证造假的情况，如果劳动者在入职时提供了虚假的学历证书，而这一证书是用人单位招聘时明确要求的条件之一，那么劳动者的行为就构成了欺诈。一旦用人单位发现这一事实，它有权根据劳动合同的约定和法律法规的规定，解除与劳动者的劳动合同。

其次，从实际操作的角度来看，用人单位在发现员工的毕业证是假的后，通常会进行一系列的调查和核实工作。这包括与劳动者进行面谈、要求其提供真实的学历证明、联系相关学校或教育机构进行核实等。在确认劳动者的毕业证确实是假的之后，用人单位会依据劳动合同的约定和公司的规章制度，对劳动者进行相应的处理，如解除劳动合同、要求其承担违约责任等。

此外，值得注意的是，劳动者因为提供虚假学历证书而被解聘的，通常无法主张经济补偿或赔偿金。根据相关政策问答和法律法规的解释，劳动者因违反诚信原则、提供虚假信息而导致的劳动合同解除，不属于用人单位应当支付经济补偿或赔偿金的情形。

最后，为了避免类似情况的发生，用人单位在招聘过程中应该加强背景调查和学历核验工作。这可以通过要求劳动者提供真实的学历证明、联系相关学校或教育机构进行核实、使用专业的背景调查服务等方式来实现。同时，用人单位也应该在劳动合同中明确约定关于提供虚假信息的违约责任和后果，以便在发生类似情况时能够有据可依。

综上所述，当用人单位发现员工的毕业证是假的时，它有权根据法律法规和劳动合同的约定解除与劳动者的劳动合同，并且不需要支付经济赔偿金。同时，劳动者也应该意识到提供虚假信息的严重后果，并遵守诚信原则来维护自己的职业声誉和就业机会。