结论：公司年假由7天调整为5天后，对于已经休超的员工是否要扣工资，不能一概而论，需根据具体情况判断。

分析如下：

1. 年假调整的合法性：

   • 公司调整年假天数，需确保调整后的年假天数不低于法定标准。根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。如果公司调整后的年假天数低于法定标准，则调整无效，员工仍应享受法定年假天数。
   • 若公司调整后的年假天数符合或高于法定标准，且调整过程合法合规（如经过民主程序、与员工协商一致等），则调整有效。

2. 休超年假的处理：

   • 若年假调整合法且员工休超部分属于原年假天数内：即员工在年假调整前已休的年假天数未超过原7天年假，但超过了调整后的5天年假。这种情况下，公司通常不应直接扣工资，因为员工在调整前是基于公司原有的年假制度进行休假的。但公司可以与员工协商，要求员工在后续年假中补足或采取其他合理方式处理。
   • 若年假调整合法且员工休超部分超出原年假天数：即员工不仅休完了原7天年假，还额外休了假。这种情况下，公司有权根据内部规章制度或劳动合同约定，对超出部分的休假进行扣工资或其他处理。但前提是这些规章制度或劳动合同约定必须合法合规，且已向员工明确告知。
   • 若年假调整不合法：即公司调整后的年假天数低于法定标准。这种情况下，员工仍应享受法定年假天数，公司无权因员工休超（按法定标准计算未超）而扣工资。

3. 实际操作建议：

   • 公司应确保年假调整的合法性和合规性，避免因此引发劳动纠纷。
   • 在调整年假前，应与员工进行充分沟通，确保员工了解调整后的年假制度和相关后果。
   • 对于已经休超的员工，公司应根据具体情况采取合理措施，如协商补足、调整后续年假等，而非直接扣工资。

后续行动建议：

• 如果您作为员工遇到此类问题，建议首先与公司沟通，了解年假调整的具体情况和原因，以及公司对休超年假的处理方式。
• 如果沟通无果或公司处理方式不合理，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 如果您作为公司方，在调整年假或处理休超年假问题时遇到法律困惑，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。