结论：干了3个月年休假休了5天离职，一般情况下不会因此扣工资，但具体是否扣工资还需根据实际情况和公司规定来判断。
分析说明：
年休假的基本规定：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在单位连续工作满1年以上的，享受带薪年休假。年休假的天数根据职工在单位的工作年限来确定，工作年限越长，年休假天数越多。但需要注意的是，该条例并未规定新入职员工在不满一年时是否可以享受年休假，这通常取决于公司的具体规定或劳动合同中的约定。
新入职员工的年休假情况：
- 对于新入职且工作不满一年的员工，其是否享受年休假以及享受多少天年休假，往往由公司根据自身情况制定相关规定。有些公司可能规定新入职员工在入职满一定月份（如3个月、6个月等）后即可享受一定天数的年休假，而有些公司则可能规定新入职员工在第一年不享受年休假。
离职时年休假已休的情况：
- 如果公司在规定或劳动合同中明确允许新入职员工在入职3个月后享受年休假，并且员工已经休了5天年休假，那么在离职时，公司通常不会因为员工已经休了年休假而扣工资。因为年休假是员工的合法权益，公司应当予以保障。
- 如果公司规定或劳动合同中明确规定新入职员工在第一年不享受年休假，或者员工在入职3个月内不享受年休假，但员工却休了5天年休假，那么公司可能会根据内部规定或劳动合同中的约定，对员工进行相应的处理，包括扣工资等。但这种情况较为少见，且需要公司有明确的书面规定作为依据。
公司规定与劳动合同的约定：
- 无论何种情况，公司规定与劳动合同中的约定都是判断是否扣工资的重要依据。如果公司规定或劳动合同中明确规定了年休假的享受条件、天数以及离职时的处理方式，那么应当按照这些规定或约定来执行。
建议与行动：
- 查看公司规定与劳动合同：首先，建议你查看公司的相关规定以及你与公司签订的劳动合同，了解其中关于年休假的具体条款和离职时的处理方式。
- 与公司沟通：如果你对公司规定或劳动合同中的条款有疑问或不解之处，建议你与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确你的权益和义务。
- 保留证据：如果你认为公司存在违法行为或侵犯了你的合法权益，建议你保留相关证据（如公司规定、劳动合同、休假记录等），以便在必要时维护自己的权益。
特殊场景：
- 如果公司存在违法行为或未按照劳动合同或公司规定执行年休假制度，你有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
相关法规：
- 《职工带薪年休假条例》第三条：职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
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