休事业假扣工资是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、合法扣减工资的情况
单位有合法规章制度：
- 如果事业单位拥有合法制定的工资发放管理制度，且该制度明确规定了员工休事业假期间工资的扣减方式和标准，同时该制度经过了民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定）并已向员工公示或告知，那么单位按照制度规定扣减事业假期间的工资是合法的。
工资构成与工作业绩挂钩：
- 若工资构成中包含与工作业绩直接相关的部分（如绩效工资），且员工休事业假导致工作完成情况和工作业绩受影响，单位根据实际工作成果、工作任务完成度等指标扣减相应部分的工资，具有一定合理性。但需注意，扣减幅度应合理，不得超出事业假对工作业绩影响的合理范围。
二、违法扣减工资的情况
规章制度不合法：
- 若单位没有相关规章制度，或虽有制度但制定过程未经过民主程序、未向员工公示，则以此为依据扣减事业假期间的工资可能构成违法。
不合理扣减：
- 单位扣减工资的幅度若明显不合理，超出事业假对工作业绩影响的合理范围，或存在恶意扣减情况，也可能被视为违法。例如，员工仅休几天事业假，单位却扣除当月大部分或全部工资，这种扣减方式通常被认为是不合理且不合法的。
违反劳动合同约定：
- 若事业单位与员工签订的劳动合同中明确约定了事业假期间工资的发放方式（如不扣减或按一定固定比例发放），而单位违反该约定进行扣减，则属于违法行为。
三、员工权益保障与建议
- 沟通协商：员工若认为单位休事业假扣工资的行为违法，首先应与单位进行沟通协商，要求单位说明扣减依据和理由。
- 投诉与仲裁：若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或依法申请劳动人事争议仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，员工应提供相关证据（如劳动合同、工资条、规章制度等）以支持自己的主张。
总结来说，休事业假扣工资是否违法，关键在于单位是否有合法有效的规章制度、扣减是否合理以及是否符合劳动合同约定。员工应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。