即使工资已经结清，若未签订劳动合同，劳动者仍有权申请赔偿。以下是对此问题的详细分析：
一、未签订劳动合同的赔偿
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这意味着，如果劳动者在用人单位工作超过一个月而未签订劳动合同，劳动者有权要求用人单位支付双倍工资作为赔偿。
赔偿计算：
- 双倍工资的起算时间为用工之日起满一个月的次日，截止时间为补订书面劳动合同的前一日或满一年的当日（以较早者为准）。例如，如果劳动者在用人单位工作了6个月而未签订劳动合同，那么劳动者有权要求用人单位支付5个月的双倍工资作为赔偿（第一个月不计入双倍工资赔偿期）。
二、拖欠工资已结清，但过程中的权益
- 尽管工资已经结清，但如果用人单位在拖欠工资期间给劳动者造成了其他损失（如因拖欠工资导致的信用损失、额外的生活成本等），劳动者仍有权要求用人单位进行相应的赔偿。不过，这种情况下需要劳动者提供充分的证据来证明其损失。
- 另外，根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条（虽部分条款已废止，但此条关于拖欠工资经济补偿的精神仍具参考价值），用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资的，除全额支付工资外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金（具体适用需结合现行有效规定）。若在工资结清前，用人单位未支付此经济补偿，劳动者仍有权追讨。
三、维权途径
协商：
- 劳动者可以首先尝试与用人单位进行协商，要求支付未签订劳动合同的双倍工资差额以及其他可能的赔偿。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，劳动者需要提交书面仲裁申请以及相关证据，如工作证、考勤记录、工资支付记录等，以证明其与用人单位存在劳动关系以及用人单位未签订劳动合同和拖欠工资的事实。
提起诉讼：
- 如果对仲裁裁决结果不满意，劳动者还可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，劳动者需要提供更充分的证据来支持自己的诉求。
四、注意事项
时效问题：
- 劳动者需要注意劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，劳动者应在规定时间内主张自己的权利，以免错过时效。
证据收集：
- 在维权过程中，劳动者需要收集并保留好相关证据，如工作证、考勤记录、工资支付记录、与用人单位的协商记录等。这些证据将有助于劳动者在仲裁或诉讼过程中证明自己的诉求。
合法途径：
- 劳动者在维权过程中应通过合法途径进行，避免采取过激行为或暴力手段。否则，可能会给自己带来不必要的法律风险。
总结与建议：即使工资已经结清，若未签订劳动合同，劳动者仍有权要求用人单位支付双倍工资作为赔偿。同时，如果用人单位在拖欠工资期间给劳动者造成了其他损失，劳动者也有权要求相应的赔偿。在维权过程中，劳动者需要注意时效问题、证据收集以及通过合法途径进行维权。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。