协议里指定的仲裁机构在公司违约的情况下仍然是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
仲裁协议的效力基础
仲裁协议是双方当事人自愿将争议提交给仲裁机构进行裁决的书面约定。根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议应当具有选定的仲裁委员会、请求仲裁的意思表示以及仲裁事项等内容。一旦双方签署了有效的仲裁协议，就意味着双方同意将协议范围内的争议提交给指定的仲裁机构进行裁决，这一约定具有法律上的约束力。
公司违约不影响仲裁协议效力
仲裁协议的独立性：仲裁协议具有相对独立性，其效力不受主合同（如您提到的协议）变更、解除、终止或者无效的影响。即使公司在协议履行过程中出现了违约行为，这并不影响双方之前已经签署的仲裁协议的效力。双方仍然需要按照仲裁协议的约定，将争议提交给指定的仲裁机构进行裁决。
违约行为的处理方式：当公司违约时，另一方（如您或您代表的机构）可以依据仲裁协议向指定的仲裁机构提起仲裁申请。仲裁机构会根据双方提供的证据和法律规定，对争议进行裁决。如果裁决结果对公司不利，公司需要承担相应的法律责任。
实际操作中的注意事项
确认仲裁协议的有效性：在提起仲裁申请前，需要确认仲裁协议是否有效。这包括检查仲裁协议是否具备法律规定的要素、是否双方自愿签署、是否超过了仲裁时效等。如果仲裁协议存在无效情形，可能需要通过诉讼等其他方式解决争议。
准备充分的证据：在仲裁过程中，证据的充分性和真实性对于裁决结果具有至关重要的影响。因此，需要提前准备好与争议相关的证据材料，如合同、付款凭证、沟通记录等。
遵守仲裁程序：仲裁程序有其特定的规则和流程，需要双方严格遵守。这包括按时提交仲裁申请、参加仲裁庭审、履行裁决结果等。如果一方违反仲裁程序，可能会影响裁决结果的公正性和有效性。
可能的法律后果
如果公司拒绝履行仲裁裁决，另一方可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向人民法院申请强制执行。人民法院会根据裁决结果和法律规定，对公司采取相应的强制执行措施，如查封、扣押、冻结财产等。
建议：在面对公司违约的情况时，您可以先确认仲裁协议的有效性，并准备好充分的证据材料。然后，按照仲裁协议的约定向指定的仲裁机构提起仲裁申请。在仲裁过程中，需要遵守仲裁程序并积极配合仲裁机构的工作。如果对仲裁程序或裁决结果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。