协议保留劳动关系到期后，用人单位与劳动者需根据实际情况办理相应手续，核心结论如下：

1. 协议到期终止劳动关系
   若双方未续签保留劳动关系协议，且无其他特殊约定（如停薪留职、待岗等），劳动关系自协议到期日自动终止。此时：

   • 用人单位义务：
     
     • 出具终止劳动关系证明（载明劳动合同期限、终止日期、工作岗位等信息）；
       
     • 依法办理档案和社会保险关系转移手续；
       
     • 支付经济补偿（若符合《劳动合同法》第46条情形，如用人单位提出不续签或降低条件导致劳动者不续签）。
       
   • 劳动者义务：
     
     • 办理工作交接，返还用人单位财物；
       
     • 配合办理社保、公积金转移或封存手续。
       

2. 协议到期续签劳动关系
   若双方协商一致续签协议，需明确续签期限、权利义务（如工资、岗位、社保缴纳方式等），并签订书面协议。

   • 注意事项：
     
     • 续签协议不得违反法律强制性规定（如最低工资标准、工时制度）；
       
     • 若原协议涉及特殊待遇（如培训服务期、竞业限制），需在续签协议中明确是否延续或调整。
       

3. 协议到期后未明确处理，劳动关系存续
   若协议到期后双方未办理终止手续，且劳动者继续提供劳动、用人单位未提出异议，视为劳动关系继续存续，此时：

   • 用人单位风险：
     
     • 未签订书面劳动合同的，需支付双倍工资（自协议到期次月起算，最长11个月）；
       
     • 若后续解除劳动关系，可能面临违法解除赔偿风险。
       
   • 建议操作：
     
     • 及时补签书面劳动合同或终止劳动关系协议；
       
     • 明确双方权利义务，避免争议。
       

特殊情形提示：

• 若协议保留劳动关系期间涉及工伤、职业病等特殊情况，需按《工伤保险条例》等规定处理，协议到期不影响劳动者主张权利；
  
• 若用人单位因经营困难与劳动者协商保留劳动关系，需确保协议内容合法（如不得以“停薪留职”名义规避社保缴纳义务）。
  

行动建议：
协议到期前，双方应提前沟通是否续签或终止，并书面确认处理方式。如有争议，可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁或向法院起诉。如有具体协议条款或操作细节需进一步分析，可直接向我咨询。