公司经理未经领导同意私自涂改员工劳动合同并造成公司直接损失的行为，确实是违法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、涂改劳动合同的法律性质
合同变更需双方同意：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。这意味着，任何一方（包括公司或员工）都不得单方面擅自变更劳动合同的内容。
- 公司经理未经领导同意，私自涂改员工劳动合同，显然违反了这一原则，构成了对劳动合同的非法变更。
涂改行为的法律效力：
- 涂改后的劳动合同部分或全部内容可能因未经双方同意而无效。这取决于涂改的具体内容和程度，以及是否对员工的权益产生了实质性影响。
- 如果涂改行为导致劳动合同的主要条款（如工资、工作时间、工作地点等）发生变更，且未经员工同意，那么这些变更条款很可能被视为无效。
二、造成公司直接损失的法律后果
民事责任：
- 公司经理因私自涂改劳动合同而给公司造成直接损失的，应当承担相应的民事责任。这包括赔偿公司因涂改行为而遭受的经济损失，如因合同无效而导致的额外支出、业务中断等。
- 公司有权要求经理赔偿这些损失，并可以通过法律途径追究其责任。
行政责任与刑事责任（如适用）：
- 如果涂改行为涉及伪造、变造国家机关公文、证件、印章等违法行为，或者构成其他犯罪行为的，如职务侵占罪、滥用职权罪等，那么经理还可能面临行政责任或刑事责任的追究。
- 这取决于涂改行为的具体性质、情节以及造成的后果。
三、建议与措施
公司应采取的措施：
- 公司应立即对涂改行为进行调查，并收集相关证据以证明涂改行为的存在及其对公司造成的损失。
- 公司可以与经理进行协商，要求其承认错误并赔偿损失。如果协商无果，公司可以通过法律途径追究经理的责任。
员工的权益保护：
- 如果涂改行为对员工的权益产生了实质性影响，员工有权要求公司恢复原劳动合同的效力或获得相应的赔偿。
- 员工也可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与建议：公司经理未经领导同意私自涂改员工劳动合同并造成公司直接损失的行为是违法的。公司应立即采取措施进行调查并追究经理的责任，同时保护员工的合法权益不受侵害。如果您或您的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。