公司单方面将计时工资制改为计件工资制并克扣工资的，劳动者有权要求公司补足工资差额，并可主张经济补偿金。具体分析如下：
1. 公司单方面变更工资制度是否合法？
根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同（包括工资制度）需双方协商一致并书面确认。若公司未与劳动者协商，单方面将计时工资改为计件工资，属于违法行为。
例外情形：若劳动合同中已明确约定公司可根据经营需要调整工资制度，且调整具有合理性（如行业惯例、经营必要），则可能被认定为合法。但实践中，此类条款常因“显失公平”被法院否定。
2. 克扣工资的赔偿标准
若公司因变更工资制度导致劳动者工资减少，劳动者可主张以下赔偿：
- 补足工资差额：公司需按原计时工资标准补足实际发放的计件工资差额。
- 经济补偿金：若劳动者以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，可依据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条主张经济补偿金（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
- 加付赔偿金：若公司经劳动行政部门责令限期支付后仍不支付，劳动者可主张加付50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。
3. 劳动者维权步骤
- 收集证据：劳动合同、工资条、考勤记录、计件工资计算规则、公司变更工资制度的通知等。
- 协商或投诉：与公司协商补足工资；若协商无果，向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
- 申请仲裁：以“未足额支付劳动报酬”为由，要求公司支付工资差额、经济补偿金等。
- 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院起诉。
4. 风险提示
- 若劳动者同意变更工资制度（如签字确认），则可能被认定为协商一致，后续维权难度增加。
- 计件工资需符合“多劳多得”原则，若公司故意设置不合理计件标准（如远低于行业平均水平），可能被认定为变相克扣工资。
建议：若您遇到此类情况，可先与公司协商，并保留相关证据。如协商无果，建议尽快申请劳动仲裁，维护自身合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。