公司修改员工上下班时间而员工不同意的，一般由劳动行政部门进行管理。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。其中，工作时间是劳动合同的重要内容之一，用人单位在变更工作时间时，应当与劳动者协商一致，并遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。若公司未经员工同意单方面修改上下班时间，可能违反了劳动法的相关规定。
管理部门与职责
劳动行政部门：
- 劳动行政部门是负责劳动法律法规执行和监督的政府部门。
- 当公司违反劳动法律法规，如未经员工同意修改上下班时间时，员工可以向劳动行政部门投诉或举报。
- 劳动行政部门有权对公司进行调查，并要求其改正违法行为。
劳动争议调解仲裁机构：
- 如果员工与公司之间因修改上下班时间产生争议，且无法通过协商解决，员工可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
- 调解仲裁机构将依法进行调解或裁决，以维护员工的合法权益。
员工应对策略
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，表达自己的意见和诉求。
- 如果公司愿意听取员工的意见并作出合理调整，则问题可能得到妥善解决。
向劳动行政部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉公司的违法行为。
- 投诉时，员工应提供相关证据，如劳动合同、公司通知等，以证明公司的违法行为。
申请劳动争议调解或仲裁：
- 如果投诉后问题仍未得到解决，员工可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
- 在申请过程中，员工应详细陈述事实和理由，并提供相关证据支持自己的主张。
可能的法律后果
公司被责令改正：
- 如果劳动行政部门认定公司违反了劳动法律法规，可能会责令公司改正违法行为，并恢复原来的上下班时间。
公司承担赔偿责任：
- 如果公司的违法行为给员工造成了损失，如加班费减少、交通费用增加等，公司可能需要承担相应的赔偿责任。
行政处罚：
- 在严重情况下，劳动行政部门可能会对公司进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
建议：当公司修改员工上下班时间而员工不同意时，员工应首先尝试与公司进行协商。如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动争议调解仲裁。同时，员工应保留好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。