结论前置：公司单方面变动工作时间而员工不同意时，公司不能直接强制执行，否则可能构成违法。具体处理方式需根据劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、劳动合同约定优先
劳动合同中有明确约定：如果劳动合同中已经明确约定了工作时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司单方面变动工作时间就属于违约行为。员工有权拒绝公司的变动要求，并可以依据劳动合同的约定，要求公司继续履行原合同或承担违约责任。
劳动合同中没有明确约定：如果劳动合同中没有明确约定工作时间，或者约定不明确，那么公司变动工作时间就需要与员工进行协商，并达成一致意见。在协商过程中，公司应当充分考虑员工的实际情况和合理诉求，确保变动后的工作时间不会对员工造成过大的影响。
二、公司规章制度需合法合规
规章制度经过民主程序制定：如果公司想要通过规章制度来变动工作时间，那么该规章制度必须经过民主程序制定，即经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。只有经过民主程序制定的规章制度，才具有法律效力。
规章制度内容合法合理：规章制度的内容必须合法合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害员工的合法权益。如果规章制度中的工作时间变动条款违反了法律法规或者损害了员工的合法权益，那么该条款就是无效的，员工有权拒绝执行。
三、法律法规的强制性规定
标准工时制：根据《劳动法》的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。如果公司变动后的工作时间超过了这一标准，那么就是违法的，员工有权拒绝执行。
特殊工时制：对于某些特殊行业或岗位，如需要连续作业的岗位、受季节和自然条件限制的岗位等，公司可以申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制。但是，即使实行这些特殊工时制，也需要经过劳动行政部门的批准，并且不得违反法律法规的强制性规定。
四、员工不同意变动的处理方式
协商解决：当公司提出变动工作时间而员工不同意时，双方应当首先进行协商，寻求达成一致意见的可能性。在协商过程中，公司可以充分说明变动的原因和必要性，员工也可以提出自己的合理诉求和意见。
申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司继续履行原劳动合同或者承担违约责任。在劳动仲裁过程中，员工需要提供相关证据来证明自己的主张，如劳动合同、工资单、考勤记录等。
提起诉讼：如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼，要求法院对争议进行裁决。在诉讼过程中，员工需要遵循法律程序，提供充分的证据来支持自己的主张。
建议：作为员工，在面对公司变动工作时间而自己不同意的情况时，应当首先了解自己的劳动合同和公司规章制度中关于工作时间的约定，以及相关法律法规的强制性规定。然后，与公司进行协商，寻求达成一致意见的可能性。如果协商无果，可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。