结论：厂里按实际工作时间（6小时）支付计时工资是否合法，需结合劳动合同约定、实际工作情况及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同约定优先

• 若劳动合同明确约定每日工作时间及工资计算方式（如“每日工作6小时，按实际工作时间计发工资”），则厂里按6小时支付工资合法。
• 若劳动合同未明确约定每日工作时间，但约定了“计时工资制”及“小时工资标准”，且实际工作时间未超过约定范围，厂里按实际工作时间支付工资亦合法。

2. 实际工作时间与工资支付的关系

• 根据《工资支付暂行规定》，用人单位应按劳动合同约定的标准支付工资。若劳动合同未约定，但实际工作时间符合行业惯例或双方默认规则（如流水线作业按实际完成时间计薪），且劳动者未提出异议，厂里按6小时支付工资可能被认定为合法。
• 但需注意：若劳动者能证明实际工作时间被不合理压缩（如故意安排超量任务导致每日仅需6小时完成），或厂里通过此方式变相降低工资标准，则可能涉及违法。此时，劳动者可主张按实际应工作时间（如标准工时制下的8小时）或约定工资标准补足差额。

3. 标准工时制下的特殊情形

• 若厂里实行标准工时制（每日8小时，每周40小时），但劳动者每日仅工作6小时且未完成约定工作量，厂里按6小时支付工资可能合法，但需确保：
  1. 劳动者同意缩短工作时间；
  2. 工资不低于当地最低工资标准；
  3. 不损害劳动者权益（如未因此减少社保、福利等）。
• 若劳动者每日工作6小时但已完成约定工作量，且厂里以此为由降低工资，则可能违法。此时，劳动者可主张按原工资标准或实际贡献计发工资。

4. 综合工时制或不定时工时制的适用

• 若厂里经劳动行政部门批准实行综合工时制或不定时工时制，则工资支付方式可能更灵活。例如，综合工时制下，厂里可按周期（如周、月）核算工作时间，只要周期内总工作时间不超标，每日工作6小时按实际时间计薪可能合法。
• 但需注意：实行特殊工时制需履行审批手续，且不得损害劳动者权益。若未审批或滥用特殊工时制，厂里按6小时支付工资可能违法。

法律建议

1. 核查劳动合同：确认是否明确约定工作时间、工资计算方式及工时制度。
2. 保留证据：如工作记录、工资条、同事证言等，证明实际工作时间及工资支付情况。
3. 协商或投诉：若认为厂里行为违法，可先与厂里协商；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
4. 咨询专业律师：如涉及复杂争议（如工时制度合法性、工资差额计算等），建议直接向我咨询，以便更精准地维护权益。

示例：假设劳动者小时工资为30元，每日工作6小时，厂里按180元（6小时×30元）支付工资。若劳动合同约定“计时工资制，按实际工作时间计薪”，且劳动者每日仅需6小时完成流水线任务，则厂里行为合法。但若劳动者能证明厂里故意安排超量任务导致每日仅需6小时完成，且原约定工资为240元（8小时×30元），则厂里需补足差额60元。