转正后药店长期安排上夜班是否合法，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度为您详细解析：
一、从劳动合同约定角度分析
若劳动合同中有明确约定：
- 如果您与药店签订的劳动合同中，已经明确约定了您的工作岗位、工作时间（包括是否需要上夜班）以及工作安排等内容，且您在签订合同时已经知晓并同意这些条款，那么药店按照合同约定安排您长期上夜班，通常是合法的。
- 在这种情况下，您应当遵守劳动合同的约定，履行自己的工作职责。如果您认为夜班安排对您的身体健康或生活造成了严重影响，您可以尝试与药店协商调整工作时间或岗位，但协商结果需双方同意。
若劳动合同中无明确约定：
- 如果劳动合同中没有明确约定您需要上夜班，或者约定不明确，那么药店单方面决定让您长期上夜班，可能涉及违法变更劳动合同内容的问题。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。如果药店未经您同意，擅自变更劳动合同中的工作时间条款，您有权拒绝执行，并可以要求药店按照原合同履行。
二、从法律法规角度分析
关于工作时间和休息休假的规定：
- 根据《劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
- 如果药店安排您长期上夜班，且未按照上述规定安排您的休息时间和工作时间，那么药店的行为可能违反了《劳动法》的规定。
关于特殊工时制度的规定：
- 如果药店因生产特点不能实行标准工时制度，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，如不定时工作制或综合计算工时工作制。
- 但即使实行特殊工时制度，药店也需要确保您的平均工作时间不超过法定标准，并保障您的休息权利。如果药店未按照规定申请特殊工时制度，或者即使申请了也未按照规定执行，那么其安排您长期上夜班的行为可能违法。
三、建议与措施
与药店协商：
- 如果您认为夜班安排对您的身体健康或生活造成了严重影响，您可以首先尝试与药店协商调整工作时间或岗位。在协商过程中，您可以提出自己的合理诉求，并听取药店的意见和建议。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，或者您认为药店的行为违反了相关法律法规，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将会对药店的行为进行调查，并根据调查结果依法处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果您与药店之间的纠纷无法通过协商或投诉解决，您还可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，您需要提供相关证据证明药店的行为违法，并维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，每个具体案件的情况都有所不同，因此在处理类似问题时，建议您根据自己的实际情况和法律法规的规定进行综合分析和判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。