船员在船上工亡，选择按照海事纠纷处理还是工伤程序处理，需根据具体情况综合判断，但通常优先选择工伤程序。以下从不同角度进行分析：

1. 工伤程序的优势

• 法律依据明确：根据《工伤保险条例》及相关规定，船员在船上工作期间因工死亡，属于工伤范畴，其家属有权享受工伤保险待遇，包括一次性工亡补助金、丧葬补助金、供养亲属抚恤金等。这些待遇的标准和计算方式均有明确规定，便于执行。
• 程序相对简便：工伤认定程序由社会保险行政部门负责，通常流程较为规范，且不需要船员家属自行承担举证责任。一旦认定为工伤，即可按照法定标准获得赔偿。
• 赔偿范围全面：工伤保险待遇涵盖了因工死亡导致的各项经济损失，包括但不限于医疗费用、丧葬费用、抚恤金等，能够较为全面地保障船员家属的合法权益。

2. 海事纠纷处理的可能性

• 特定情形下的适用：如果船员的死亡与船舶碰撞、搁浅、触礁等海事事故有关，且涉及第三方责任（如其他船舶的过错），则可能同时构成海事纠纷。此时，船员家属除了可以申请工伤认定外，还可以向责任方提起海事侵权诉讼，要求赔偿。
• 赔偿标准的差异：海事侵权诉讼的赔偿标准可能与工伤保险待遇不同，且需要船员家属自行承担举证责任，证明责任方的过错与船员死亡之间的因果关系。这在一定程度上增加了诉讼的难度和不确定性。
• 程序复杂且耗时：海事纠纷处理通常涉及多个法律程序，包括海事调查、证据收集、诉讼等，可能耗时较长，且需要专业的海事法律知识。

3. 综合建议

• 优先申请工伤认定：无论是否涉及海事纠纷，船员家属均应首先向社会保险行政部门申请工伤认定，以确保能够按照法定标准获得工伤保险待遇。
• 视情况提起海事诉讼：如果船员的死亡与海事事故有关，且存在第三方责任，船员家属可以在获得工伤认定后，视情况向责任方提起海事侵权诉讼，以追加赔偿。
• 咨询专业律师：由于海事纠纷和工伤程序均涉及复杂的法律问题，建议船员家属在处理过程中咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。

总结：船员在船上工亡，通常优先选择工伤程序处理，以快速、全面地获得赔偿。如果涉及海事事故和第三方责任，可以视情况提起海事诉讼。在处理过程中，务必咨询专业律师，以确保合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。