行政单位招标后合同约定收取质保金而未收取工程质保金并不违法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 法律规定与质保金

1. 《中华人民共和国政府采购法实施条例》

   • 第四十八条规定：“采购文件要求中标或者成交供应商提交履约保证金的，供应商应当以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交。履约保证金的数额不得超过政府采购合同金额的10%。”该条款仅对履约保证金进行了规定，并未提及质保金。

2. 《财政部关于促进政府采购公平竞争优化营商环境的通知》（财库〔2019〕38号）

   • 第三条规定：“采购人、采购代理机构不得收取没有法律法规依据的保证金。”这意味着，如果法律法规没有明确规定必须收取质保金，则行政单位可以不收取。

二. 质保金与履约保证金的区别

• 质保金：主要是在产品或服务出现质量问题时用于赔偿或维修的资金。
• 履约保证金：则是在合同一方违约时用于赔偿对方损失的资金。

在政府采购中，履约保证金是较为常见的保障措施，而质保金并非必须收取。

三. 实际操作的灵活性

• 政府采购项目是否收取质保金，通常取决于采购项目的具体情况和采购双方的约定。如果行政单位在招标文件中约定了收取质保金，但在实际执行中未收取，这并不违反法律法规的强制性规定。

四. 政策导向与实践

• 近年来，为了优化营商环境，减轻企业负担，政府采购领域不断推进改革，减少或取消部分保证金的收取是改革的重要举措之一。因此，从政策和实践的角度来看，行政单位选择不收取质保金也是符合当前改革趋势的。

总结：行政单位招标后合同约定收取质保金而未收取工程质保金，并不违反相关法律法规的规定。这是因为在政府采购中，质保金并非必须收取的保证金类型，行政单位可以根据采购项目的具体情况和采购双方的约定来决定是否收取。如有进一步需要，您可以继续咨询我。