建设单位在工程结算单和付款承诺书上签字盖章后又不认可，这种行为一般是不合法的，但具体是否合法需视情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 从合同效力角度

• 签字盖章的法律意义：在法律上，签字盖章通常被视为对文件内容的确认和接受，具有法律效力。建设单位在工程结算单和付款承诺书上签字盖章，意味着其认可了文件中的内容，包括结算金额、付款时间等关键条款。
• 不认可的后果：如果建设单位在签字盖章后又否认文件内容，这可能构成违约行为。根据《民法典》的相关规定，当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，建设单位的不认可行为可能面临法律责任，包括但不限于继续履行合同、赔偿损失等。

2. 从证据效力角度

• 书面证据的证明力：工程结算单和付款承诺书作为书面证据，具有较高的证明力。在诉讼或仲裁过程中，这些文件可以作为证明双方权利义务关系的重要依据。
• 不认可的举证责任：如果建设单位不认可文件内容，其需要承担举证责任，证明签字盖章行为存在瑕疵（如伪造、胁迫等）或者文件内容存在错误（如计算错误、条款不合法等）。如果无法提供充分证据，其不认可行为可能不会被法院或仲裁机构采纳。

3. 从实际操作角度

• 沟通协商：在出现争议时，双方应首先尝试通过沟通协商解决问题。建设单位可以提出其不认可的具体理由，并与对方协商解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决。
• 法律途径：如果建设单位坚持不认可文件内容，且无法通过协商解决争议，对方可以依法向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。

4. 特殊情况考虑

• 签字盖章的瑕疵：如果建设单位能够证明签字盖章行为存在瑕疵（如非本人签字、盖章被伪造等），或者文件内容存在重大错误（如结算金额与实际不符、条款违反法律法规等），则其不认可行为可能具有一定的合法性。但这种情况下，建设单位需要承担举证责任，并可能需要通过法律程序来确认文件无效或撤销。
• 表见代理等情形：如果签字盖章的行为是由建设单位的代理人或员工进行的，且对方有理由相信该代理人或员工具有代理权（如表见代理），则建设单位可能仍需承担法律责任。这种情况下，建设单位需要证明代理人或员工的行为超出了其代理权限或存在其他免责事由。

建议：

• 对于建设单位而言，在签字盖章前应仔细审查文件内容，确保无误后再进行签字盖章。如果事后发现文件内容存在问题，应及时与对方沟通协商解决方案，避免引发不必要的法律纠纷。
• 对于对方而言，如果建设单位不认可文件内容，应首先尝试通过沟通协商解决问题。如果协商无果，可以依法向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。

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