公司按照公司全体员工上年度平均工资发放个人生育津贴，这一做法并不完全合法，具体需结合实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一、生育津贴的计算方式

生育津贴的计算通常基于用人单位上年度职工月平均工资（或月人均缴费基数）和产假天数。具体公式为：生育津贴 = 用人单位上年度职工月平均工资 ÷ 30天 × 产假天数。这里的关键是，生育津贴的计算应基于女性参保职工所在单位的上年度职工月平均工资，而非全体员工的平均工资，更非简单地按照某个固定数值或全体员工的平均工资来发放。

二、生育津贴的支付标准与实际情况

1. 社会统筹地区：在实行生育保险社会统筹的地区，生育津贴由生育保险基金支付给用人单位，再由用人单位支付给女职工。其支付标准通常是按本企业上年度职工月平均工资的标准支付，但这里的“企业上年度职工月平均工资”应理解为女性参保职工所在单位的上年度职工月平均工资，而非全体员工的平均工资。

2. 特殊情况处理：

   • 若用人单位月人均缴费基数低于上一年本市职工月平均工资的60%，则按上一年本市职工月平均工资的60%计算。
   • 若生育津贴高于上一年本市职工月平均工资的3倍，则按上一年本市职工月平均工资的3倍计算。
   • 若本人上一年月平均工资无法确定，才可能按上一年本市职工月平均工资或企业上年度职工月平均工资（需符合规定）计算，但并非直接按全体员工平均工资计算。

三、公司做法的合法性分析

公司按照全体员工上年度平均工资发放个人生育津贴，这一做法可能存在问题：

• 如果全体员工平均工资高于女性参保职工所在单位的上年度职工月平均工资，且没有按照女性参保职工所在单位的上年度职工月平均工资来计算生育津贴，那么这种做法可能损害了女性职工的合法权益，因为她们应获得的生育津贴可能被低估。

• 如果全体员工平均工资低于女性参保职工所在单位的上年度职工月平均工资，但公司仍然按照全体员工平均工资发放，同样可能存在问题，因为这可能不符合生育津贴的计算原则。

四、建议与后续行动

1. 核实计算依据：建议女性职工首先核实公司计算生育津贴的具体依据，确保其符合相关法律法规的规定。

2. 与公司沟通：如果发现公司做法存在问题，可以与公司进行沟通，要求公司按照正确的计算方式重新核算生育津贴。

3. 寻求法律帮助：如果与公司沟通无果，或者公司拒绝改正，女性职工可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。