结论：单位不发生育津贴只发工资是否合法，需分情况讨论。若单位已依法缴纳生育保险，且生育津贴由社保机构支付，则单位不发生育津贴而仅支付工资可能合法；若单位未依法缴纳生育保险，导致员工无法享受生育津贴，则单位需承担相应责任，不发生育津贴而仅支付工资可能不合法。
分析说明：
单位已依法缴纳生育保险的情况：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》第八条，女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付。
- 在这种情况下，生育津贴的支付主体是社保机构，而非单位。单位只需确保已依法为员工缴纳生育保险，并在员工产假期间按照正常工资标准支付工资（若工资低于生育津贴，员工有权要求单位补足差额，但实际操作中，由于生育津贴由社保机构直接支付，此情况较少见）。
- 因此，若单位已依法缴纳生育保险，且生育津贴由社保机构支付，单位不发生育津贴而仅支付工资是合法的。但需注意，单位应确保工资支付不低于当地最低工资标准，且不得因员工怀孕、生育、哺乳而降低其工资。
单位未依法缴纳生育保险的情况：
- 若单位未依法为员工缴纳生育保险，导致员工无法享受生育津贴，则根据《女职工劳动保护特别规定》第八条，女职工产假期间的生育津贴应由单位按照女职工产假前工资的标准支付。
- 在这种情况下，单位不发生育津贴而仅支付工资（且工资低于产假前工资标准）是不合法的。单位需承担未缴纳生育保险的责任，并按照女职工产假前工资的标准支付生育津贴。
特殊场景：
- 若单位与员工在劳动合同或集体合同中另有约定，如约定产假期间只支付基本工资或固定比例的工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则可能按照约定执行。但此类约定需谨慎审查，确保不损害员工的合法权益。
行动建议：
- 对于员工：若您认为单位在生育津贴支付方面存在违法行为，可先与单位协商解决；协商无果的，可向当地劳动保障监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于单位：应依法为员工缴纳生育保险，确保员工在产假期间能够享受应有的生育津贴待遇。同时，在制定相关规章制度时，应遵守法律法规的强制性规定，避免引发劳动纠纷。
后续思考依据：
- 在处理此类纠纷时，需重点关注单位是否依法缴纳生育保险、生育津贴的支付主体以及单位与员工之间的约定等因素。这些因素将直接影响单位行为的合法性以及员工的权益保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。