员工与公司协商解除劳动关系后发现怀有身孕，一般不能要求恢复劳动关系。下面我将对此进行详细分析：
一. 协商解除劳动关系的法律效力
- 劳动关系终止：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。一旦双方达成协议并签署相关文件，劳动关系即告终止。
- 法律约束力：协商解除劳动关系的协议具有法律约束力，双方均应遵守。除非存在欺诈、胁迫等违法情形，否则协议内容不可轻易变更或撤销。
二. 怀孕对劳动关系恢复的影响
- 无直接关联：怀孕是员工个人生理状态的变化，与已经协商解除的劳动关系没有直接法律关联。协商解除劳动关系是基于双方自愿和合法的基础，怀孕并不是恢复劳动关系的法定理由。
- 特殊保护规定不适用：虽然《劳动合同法》对孕期女职工有特殊保护规定，如不得随意解除劳动合同等，但这些规定适用于劳动关系存续期间。一旦劳动关系已经协商解除，这些特殊保护规定就不再适用。
三. 实际操作中的考虑
- 道德考量：虽然法律上不支持恢复劳动关系，但公司出于人道主义或企业形象考虑，可能会与员工协商提供一定的帮助或补偿。
- 后续就业：员工在怀孕后，可以积极寻找新的工作机会，并告知潜在雇主自己的怀孕情况，以便获得适当的照顾和安排。
综上所述，员工与公司协商解除劳动关系后发现怀有身孕，一般不能要求恢复劳动关系。因为协商解除劳动关系的协议具有法律约束力，且怀孕并不是恢复劳动关系的法定理由。如有进一步需要，您可以继续咨询我。