公司不能仅因新员工拿走公司手机就扣你的工资，这种做法是不合法的。以下从几个方面为你详细分析：
一、公司扣工资的合法性
根据《中华人民共和国劳动法》以及相关劳动法规，公司扣减员工工资必须基于合法的理由和程序。一般来说，公司只有在员工存在违反公司规章制度、给公司造成经济损失且需要赔偿等特定情况下，才能依法扣减工资。而新员工拿走公司手机这一行为，若与你无关，即你并未参与或协助该行为，也未因此给公司造成直接的经济损失（除非你能被证明有管理或监督失职的责任，但这种情况需要具体证据支持），那么公司扣你的工资就缺乏合法依据。
二、公司可能存在的违法行为
无故扣减工资：如前所述，若公司无法证明你与新员工拿走手机的行为有关，或无法证明你因此给公司造成了经济损失，那么公司扣减你的工资就属于无故扣减，是违法的。
侵犯财产权：新员工拿走公司手机，若该手机属于公司财产，那么新员工的行为可能构成对公司财产权的侵犯。但这一行为与你无关，不应成为公司扣减你工资的理由。
三、你的权益保护
与公司协商：你可以首先尝试与公司进行协商，要求公司说明扣减工资的具体理由，并提供相关证据。若公司无法提供合法依据，你可以要求公司撤销扣减工资的决定。
向劳动监察部门投诉：若与公司协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，反映公司无故扣减工资的情况。劳动监察部门将会对此进行调查，并依法处理。
申请劳动仲裁：若劳动监察部门的处理结果未能满足你的诉求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣减的工资及可能的赔偿金。
四、建议与提醒
保留证据：在与公司协商或向相关部门投诉时，务必保留好相关证据，如工资条、扣减工资的通知、与公司的沟通记录等。这些证据将有助于你维护自己的合法权益。
及时行动：若发现公司存在无故扣减工资等违法行为，应及时采取行动，避免超过法律规定的时效期限。
咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了一些法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。若你在处理过程中遇到复杂或疑难的问题，建议及时咨询专业律师，以获得更具体、更专业的法律帮助。
综上所述，公司不能仅因新员工拿走公司手机就扣你的工资。若公司坚持扣减，你可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。