结论前置：员工因病公司不予批假而签订的停薪留职协议，其合法性需分情况讨论。一般情况下，企业单方面以病假为由决定停薪留职，不符合法律规定。但若停薪留职协议是双方自愿、平等协商的结果，且内容合法，则可能具有法律效力。
一、停薪留职协议的一般规定
停薪留职是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，而由用人单位与该职工依法签订的，约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同。根据现行规定，停薪留职的前提是员工个人申请，并经企业批准后，申请人才会停薪留职。这意味着，如果员工没有提出申请或者企业没有批准，那么停薪留职就是不合法的。
二、病假与停薪留职的关系
员工享有病假权利：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工根据实际工作年限和在本单位的工作年限，享有一定期限的医疗期和病假权利。在医疗期内，员工有权休息治疗，单位应当批准合理的病假申请，并支付病假期间的工资。
企业单方面决定停薪留职的违法性：
- 在实际操作中，如果企业单方面决定对员工实行停薪留职，尤其是以病假为由，这往往是不符合法律规定的。员工在面对这种情况时，有权拒绝，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
三、停薪留职协议的合法性分析
双方自愿、平等协商：
- 如果停薪留职协议是双方自愿、平等协商的结果，且内容合法（如明确停薪留职期限、双方权利义务等），则该协议可能具有法律效力。但这种情况下，通常需要员工主动提出停薪留职申请，并经企业批准。
企业单方面决定的违法性：
- 如果企业未经员工同意，单方面以病假为由决定停薪留职，并强迫员工签订停薪留职协议，则该协议可能因违反法律规定而无效。员工有权拒绝执行，并可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益。
四、法律建议
对于员工：
- 如果公司不予批假并强迫签订停薪留职协议，员工应首先与公司沟通，明确表达自己的病假需求和合法权益。
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于企业：
- 企业应遵守相关法律法规，尊重员工的病假权利，不得单方面以病假为由决定停薪留职。
- 如果需要与员工签订停薪留职协议，应确保协议内容合法、双方自愿、平等协商，并明确双方的权利义务。
总结：员工因病公司不予批假而签订的停薪留职协议，其合法性取决于协议签订的过程和内容。一般情况下，企业单方面以病假为由决定停薪留职不符合法律规定。如果遇到此类问题，建议员工及时咨询专业律师（即本人，林春凯律师，专注于交通事故、婚姻家庭、劳动纠纷领域），通过法律途径维护自己的合法权益。