公司不能单方面把个人申请的工伤认定撤回。以下从不同角度为您详细分析：

法律层面

• 工伤认定申请的性质：工伤认定申请是员工维护自身权益的重要途径，一旦提交，就进入了法定的判定程序，关乎职工能否获得工伤保险待遇等切身利益。根据《中华人民共和国工伤保险条例》及相关规定，工伤认定由劳动局（现社会保险行政部门）受理，用人单位没有权利擅自撤销。
• 工伤认定书和伤残鉴定书的效力：工伤认定书和伤残鉴定书一旦出具，就具有法律效力。单位无权直接撤销，若对认定结果有异议，只能通过行政复议或上诉等法定途径，要求重新判定。而且，行政复议或上诉是有时效限制的，如果没有在规定的时间内提出，已经发生法律效力的工伤认定结果是无法申请撤销的。

实际操作层面

• 员工不同意的情况：若公司和员工就工伤协商未达成一致，比如员工不同意撤销工伤认定申请，那么公司单方面操作是无效的。因为工伤认定关乎员工的重大权益，公司不得擅自阻碍员工应得权益的实现。例如，小何在工作中受伤，向公司申请工伤认定。公司起初配合提交了申请，但后来与小何在赔偿金额上产生分歧，公司未经小何同意试图撤销工伤申请，这种情况下公司的操作就是无效的。
• 协商一致的情况：若公司和员工就工伤事宜达成一致解决方案，如协商好赔偿等，且经员工同意，公司可以向社会保险行政部门提出撤回申请。但这也需要符合法定程序和条件，不能损害员工的合法权益。

违规撤销的后果

如果公司违规撤销工伤认定申请，可能面临法律责任。员工可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径，要求社会保险行政部门继续进行工伤认定程序，以保障自身合法权益。一旦认定为工伤，员工可依法享受相应的工伤待遇，公司不能因不当行为阻碍员工应得权益的实现。

建议：如果您遇到了公司想要撤销工伤认定申请的情况，一定要坚决维护自己的合法权益。若公司未经您同意擅自撤销，您可以先与公司进行协商沟通；若协商不成，可向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，必要时还可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径来解决问题。如果您在工伤认定和赔偿方面还有其他疑问，可以直接向我咨询。