结论前置：在两个关联子公司工作的情况下，对其中一家提交辞职申请时，工作年限的合并计算需依据《劳动合同法实施条例》第十条及《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十六条的相关规定，具体合并方式需根据实际情况判断。以下是详细分析：

1. 关联子公司间的劳动关系认定
   若两家子公司为同一母公司控制下的关联企业，且劳动者与其中一家子公司签订劳动合同后，被安排至另一家子公司工作，但劳动关系未转移（即劳动合同主体未变更），则工作年限通常不自动合并。此时，劳动者仅对当前签订劳动合同的子公司享有辞职权，工作年限以该合同为准。
   例外情形：若两家子公司通过“混同用工”（如共用管理人员、财务系统、工作地点等），导致劳动者无法区分劳动关系主体，法院可能认定两家公司承担连带责任，此时工作年限可能被合并计算。

2. 非因劳动者原因从原用人单位被安排到新用人单位
   根据《劳动合同法实施条例》第十条，若劳动者非因本人原因从原用人单位（如子公司A）被安排至新用人单位（如子公司B）工作，且原用人单位未支付经济补偿，则劳动者在原用人单位的工作年限应合并计算至新用人单位。
   关键点：

   • “非因劳动者原因”包括用人单位合并、分立、调动等；
     
   • 需证明原用人单位未支付经济补偿（如离职证明、补偿协议等）；
     
   • 合并后的工作年限用于计算经济补偿、年休假等权益。

3. 劳动者主动辞职时的年限处理
   若劳动者仅对其中一家子公司提交辞职申请，且符合上述“非因劳动者原因调动”的情形，则合并后的工作年限可能影响经济补偿的计算。例如：

   • 劳动者在子公司A工作3年，后被调至子公司B工作2年，现从子公司B辞职；
     
   • 若调动时子公司A未支付经济补偿，则经济补偿应按5年（3+2）计算；
     
   • 若调动时已支付经济补偿，则仅按子公司B的2年计算。

4. 实务建议

   • 留存证据：保存劳动合同、调动通知、工资记录等，证明劳动关系连续性；
     
   • 明确主体：辞职时注明针对的具体用人单位，避免混淆；
     
   • 协商或诉讼：若用人单位拒绝合并年限，可通过劳动仲裁主张权益。

总结：关联子公司间的工作年限是否合并，需结合劳动关系主体、调动原因及补偿情况综合判断。如有具体案例或证据，可进一步分析。