结论前置：能否要回被扣的1000元，需结合离职性质、公司制度合法性及证据充分性综合判断。以下是具体分析：

1. 若离职属于“合法解除劳动合同”情形

根据《劳动合同法》第37条（劳动者提前30日书面通知解除）或第38条（用人单位存在过错时劳动者可立即解除），公司无权以“突然离职”为由扣款。

• 关键点：需证明离职合法性（如提前通知的证据、公司存在未缴社保等过错的证据）。
  
• 操作建议：收集离职通知记录、公司过错证据（如工资条、社保记录），向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，要求返还扣款。

2. 若离职属于“违法解除劳动合同”情形

根据《劳动合同法》第90条，劳动者违法解除合同给用人单位造成损失的，应承担赔偿责任。但公司需证明：

• 损失实际发生（如紧急招聘替代人员的费用、项目延误损失）；
  
• 损失金额合理（扣款1000元需与实际损失相当，不能随意定价）。
  
• 操作建议：要求公司出具损失证明（如合同、发票），若公司无法提供，可主张扣款违法；若损失证明合理，则需按比例承担。

3. 公司制度合法性审查

即使劳动者违法离职，公司扣款也需符合以下条件：

• 制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）；
  
• 内容合法（不得超过劳动者月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准）；
  
• 已公示或告知劳动者（如入职时签字确认）。
  
• 操作建议：要求公司出示制度文本及公示证据，若制度未履行民主程序或未公示，可主张扣款无效。

4. 证据收集与维权路径

• 证据清单：劳动合同、离职通知记录、工资条、公司扣款通知、公司过错证据（如未缴社保证明）、损失证明（如公司主张损失时）。
  
• 维权步骤：
  
  1. 与公司协商要求返还扣款；
     
  2. 协商不成，向当地劳动监察大队投诉（12333热线）；
     
  3. 投诉无果，申请劳动仲裁（需在离职后1年内提出）。

总结：公司扣款是否合法需结合离职性质、制度合法性及损失证明综合判断。建议优先收集证据，通过协商或投诉解决；若争议较大，可申请劳动仲裁维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。