发生交通事故后单位扣发工资是否违法，需根据具体情况判断，核心在于事故是否被认定为工伤以及员工是否需要暂停工作接受治疗。以下从不同角度进行详细分析：

一、因工发生交通事故

如果员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，或者在工作时间和工作场所内因工作原因发生交通事故受伤，并且这些伤害被认定为工伤，那么在工伤治疗期间，单位应当正常发放工资。

1. 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
2. 支付期限：停工留薪期一般不超过12个月。若伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长期限不得超过12个月。
3. 法律后果：若单位在停工留薪期内扣发工资，则构成违法行为，员工有权要求单位补发工资，并可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令单位支付工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。

二、非因工发生交通事故

如果员工发生的交通事故与工作无关，例如假期外出游玩时发生事故，那么处理方式将依据员工是否履行了正常的请假手续及单位的规章制度来确定。

1. 履行请假手续且符合病假条件：若员工及时向单位请假，并提供了医院的诊断证明等材料，单位应按照病假相关规定支付工资。根据原劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
2. 未履行请假手续：若员工未及时向单位请假说明情况，单位可能会按照旷工处理，此时单位有权不支付旷工期间的工资。但需注意，单位在处理旷工时需遵循内部规章制度，并确保处理程序的合法性。
3. 单位规章制度违法：若单位规章制度中规定，无论何种原因发生交通事故均扣发工资，则该规定可能因违反法律法规而无效。员工有权要求单位按照法律法规支付工资。

三、特殊情形

1. 员工存在明显失职：若交通事故的引致源于职工的不当行为对企业规章制度和操作规程的严重违背，且得到职工的明确认可，企业有权依据其内部规章制度所规定的内容，自职工当月工资当中扣除相应的部分以作为对于企业损失的赔偿。但这样扣发的薪资应当在合理范围之内，一般来说不得超过该名职工当月工资的百分之二十。
2. 涉及车险的公司车辆：若事故产生的所有损失都应该由负责的保险公司来承担，企业不应对职工进行额外的追偿，更不能未经许可就直接从职工的工资中扣除相关款项。

四、建议与总结

1. 员工方面：在发生交通事故后，员工应及时向单位报告事故情况，并根据事故性质履行相应的请假手续。若事故被认定为工伤，员工应积极申请工伤认定，并享受相应的工伤待遇。
2. 单位方面：单位应建立健全的规章制度，明确在员工发生交通事故时的工资支付规定。在处理员工工资问题时，单位应遵循法律法规，确保处理程序的合法性和合理性。

综上所述，发生交通事故后单位是否应发工资，需根据事故是否被认定为工伤以及员工是否需要暂停工作接受治疗来判断。若单位扣发工资的行为违反法律法规或规章制度，员工有权要求单位补发工资，并可向劳动行政部门投诉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。