结论：公司以损失为由扣除900元的行为是否合法，需根据具体情况判断。若公司无法证明损失与员工行为存在直接因果关系，或扣除金额超出法定范围，则该行为可能不合法。
分析如下：
一、离职证明与经济纠纷的关系
首先，离职证明上表明“无经济纠纷”，这通常意味着双方在离职时已就工资、奖金、补偿等经济事项达成一致，不存在争议。若公司后续以损失为由扣除员工工资，这可能与离职证明上的声明相悖。但关键在于，离职证明上的这一表述是否构成对双方经济关系的最终确定，以及公司所主张的损失是否真实存在且与员工行为有直接关联。
二、公司扣除工资的合法性
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
扣除条件：
- 公司需证明损失确实存在，且该损失是由员工的行为直接导致的。
- 扣除的金额需在法定范围内，即每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、针对本案例的具体分析
损失证明：
- 公司需提供充分证据证明其遭受了900元的损失，且该损失是由员工的行为直接导致的。若公司无法提供充分证据，则其扣除行为可能不合法。
扣除金额：
- 假设员工当月工资为X元，则公司每月最多可扣除的金额为0.2X元。若900元超出了这一范围，或扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则公司的扣除行为不合法。
四、建议与后续行动
与公司沟通：
- 员工可首先与公司沟通，要求公司提供损失证明及扣除依据。若公司无法提供或提供的证据不充分，员工可拒绝接受扣除。
申请劳动仲裁：
- 若与公司沟通无果，员工可向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司返还被扣除的工资。
法律途径：
- 若对劳动仲裁结果不满，员工还可向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：公司以损失为由扣除员工工资的行为是否合法，需根据具体情况判断。员工在面对此类情况时，应首先与公司沟通并要求提供充分证据，若沟通无果则可通过法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。