核心前提：公司向员工发出自动离职通知书后，员工申请劳动仲裁，此时员工希望获得离职证明。

结论前置：

1. 公司应依法出具离职证明：无论员工是否申请仲裁，公司都有义务在解除或终止劳动合同时出具离职证明。
2. 仲裁期间不影响离职证明的出具：员工申请仲裁不影响其获得离职证明的权利，公司不得以此为由拒绝出具。
3. 若公司拒绝出具，员工可通过法律途径解决：员工可向劳动监察部门投诉或申请仲裁，要求公司出具离职证明。

详细分析：

1. 公司应依法出具离职证明
   根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。因此，无论员工是否申请仲裁，公司都有义务出具离职证明。这是公司的法定义务，不得以任何理由拒绝。

2. 仲裁期间不影响离职证明的出具
   员工申请劳动仲裁是其维护自身权益的合法途径，但这并不影响其获得离职证明的权利。公司不得以“正在仲裁”为由拒绝出具离职证明。如果公司以此为由拖延或拒绝，可能构成违法，员工有权要求公司承担相应责任。

3. 若公司拒绝出具，员工可通过法律途径解决
   如果公司拒绝出具离职证明，员工可以采取以下措施：

   • 向劳动监察部门投诉：劳动监察部门有权责令公司限期出具离职证明。
     
   • 申请劳动仲裁：员工可以仲裁请求公司出具离职证明，并可能要求公司赔偿因未出具离职证明造成的损失（如无法入职新单位导致的工资损失等）。
     
   • 提起诉讼：如果对仲裁结果不服，员工还可以向法院提起诉讼。

建议：

• 如果您是员工，可以书面要求公司出具离职证明，并保留相关证据（如邮件、短信等）。如果公司拒绝，及时向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
  
• 如果您是公司，应依法出具离职证明，避免因小失大，引发不必要的法律纠纷。

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