结论：在员工和公司进行劳动仲裁，且员工需要离职证明的情况下，离职证明的开具方式取决于双方解除劳动关系的方式，可能是协商解除，也可能是员工自动离职，但通常建议以协商解除的方式处理，并明确离职原因，以避免后续纠纷。以下是对此问题的详细分析：
一、离职证明的开具方式
协商解除劳动关系：
- 如果双方是通过协商一致解除劳动关系的，公司应在解除劳动关系时为员工开具离职证明，并明确离职原因为“双方协商一致解除劳动关系”。
- 离职证明应包含员工的姓名、身份证号码、入职日期、离职日期、工作岗位、离职原因等基本信息，并加盖公司公章。
员工自动离职：
- 如果员工是自动离职的，公司同样需要为员工开具离职证明，但离职原因应注明为“员工自动离职”。
- 然而，自动离职可能引发一系列问题，如员工未办理工作交接、未结清工资等，这可能导致公司在开具离职证明时面临一定的法律风险。因此，建议公司在员工自动离职时，尽量通过书面形式（如邮件、短信等）与员工确认离职事宜，并保留相关证据。
二、离职证明的重要性及法律后果
- 重要性：离职证明是员工与新雇主建立劳动关系时的重要证明文件，它证明了员工与前雇主的劳动关系已经解除，且没有存在任何劳动纠纷。因此，公司应认真对待离职证明的开具工作。
- 法律后果：如果公司未按时为员工开具离职证明，或者离职证明内容不实，可能会面临法律责任。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位违反规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明的，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
三、建议
- 尽量协商解除：为了避免后续纠纷和法律风险，建议公司在与员工解除劳动关系时，尽量通过协商一致的方式处理，并明确离职原因和离职日期。
- 完善离职手续：无论员工是协商解除还是自动离职，公司都应要求员工办理完整的离职手续，包括工作交接、工资结清等，并保留相关证据。
- 及时开具离职证明：公司应在员工离职后及时为其开具离职证明，并确保离职证明内容真实、准确、完整。
举例说明：假设员工小张因个人原因提出与公司协商解除劳动关系，双方达成一致后，公司应在解除劳动关系时为小张开具离职证明，并注明离职原因为“双方协商一致解除劳动关系”。如果小张是自动离职的，公司同样需要为其开具离职证明，但离职原因应注明为“员工自动离职”，并尽量通过书面形式与小张确认离职事宜。
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