结论：企业向法院起诉要求员工补缴三年前社保的行为，其合法性需结合具体情况分析，若企业未依法履行社保缴纳义务，直接起诉员工补缴可能不合法；若员工存在过错且符合法定追诉条件，则可能合法。以下从不同角度展开分析：
1. 社保缴纳的法定义务主体
根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位是社保缴纳的法定义务主体，必须为员工办理社保登记并按时足额缴纳社保费。员工仅承担个人缴费部分的代扣代缴义务，但无直接缴纳社保的法定义务。
- 若企业未依法为员工缴纳社保（如未登记、未足额缴纳），则企业本身已违法，此时起诉员工补缴缺乏法律依据，可能被法院驳回。
- 若企业已履行自身义务（如已登记并缴纳单位部分），但员工通过虚假手段（如伪造离职证明）逃避个人缴费，企业可能通过法律途径追偿，但需符合法定程序。
2. 社保追缴的时效限制
根据《劳动保障监察条例》第二十条，社保违法行为的查处时效为2年（自违法行为终止之日起计算）。若企业未在2年内向社保行政部门举报或申请仲裁，可能因超过时效而丧失追缴权利。
- 例外情形：若员工存在欺诈、恶意隐瞒等行为，导致企业无法及时发现社保未缴问题，企业可能主张时效中断或延长，但需提供充分证据（如员工书面承诺、沟通记录等）。
- 法院受理范围：社保争议通常属于行政管辖范畴（由社保行政部门处理），企业直接起诉员工至法院可能面临程序障碍，除非涉及民事赔偿（如员工过错导致企业损失）。
3. 企业起诉的合法路径
若企业认为员工存在过错（如故意不提供材料导致社保未缴），合法路径应为：
- 向社保行政部门举报：要求行政部门责令员工补缴个人部分（但实践中行政权力有限，通常针对单位）。
- 通过劳动仲裁或民事诉讼主张损失：若员工行为导致企业被罚款或承担额外费用，企业可要求员工赔偿，但需证明因果关系及损失金额。
直接起诉员工补缴社保（而非赔偿损失）缺乏明确法律依据，可能被法院认定为“不属于民事诉讼受理范围”。
4. 员工应对建议
- 核实企业诉求合法性：要求企业提供社保未缴的证据（如缴费记录、员工过错证明）及法律依据。
- 主张时效抗辩：若企业起诉超过2年时效，可向法院提出时效抗辩。
- 反诉企业违法：若企业未依法缴纳单位部分，可向社保行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补缴并承担滞纳金。
总结：企业起诉员工补缴三年前社保的合法性存疑，需结合企业是否履行自身义务、是否超过时效、员工是否存在过错等因素综合判断。建议双方先通过行政途径或协商解决，若争议升级，可进一步提供具体材料向我咨询。