结论前置：员工工作三年企业未签长期合同，一般情况下，由于仲裁时效的限制，员工可能无法要求全部工作期间的双倍工资赔偿，但可主张部分期间（通常为近一年）的双倍工资，具体需结合实际情况判断。同时，员工与用人单位已视为订立无固定期限劳动合同，享有相应权益。
详细分析：
法律依据与双倍工资规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这一规定旨在保护劳动者的合法权益，督促用人单位及时与劳动者签订书面劳动合同。
仲裁时效与双倍工资赔偿：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。对于未签劳动合同的情况，双倍工资的仲裁时效通常从应当支付双倍工资的最后一个月开始计算一年。
- 因此，员工工作三年后才主张双倍工资赔偿，大部分请求可能已经超过仲裁时效。不过，具体还需结合当地法院和仲裁机构的实践来判断，部分地区可能认为逐月起算仲裁时效，而部分地区可能采用其他计算方式。但无论如何，工作三年后主张全部期间的双倍工资赔偿，通常难以获得支持。
无固定期限劳动合同的认定：
- 用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为双方已订立无固定期限劳动合同。此时，员工虽然不能再主张自用工满一年后的双倍工资，但享有无固定期限劳动合同所赋予的权益，如稳定的劳动关系、用人单位违法解除合同时的经济赔偿金等。
特殊情况的考虑：
- 如果员工因不可抗力等正当事由未能及时主张权利，仲裁时效可能会中断或中止。在这种情况下，员工仍有可能在时效内主张未签合同期间的双倍工资。但这种情况较为罕见，需要员工提供充分的证据来证明。
维护合法权益的建议：
- 员工应及时收集能证明劳动关系的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，以便在需要时向劳动争议仲裁机构申请仲裁。
- 即使无法要求全部工作期间的双倍赔偿，员工仍有权要求用人单位补签书面劳动合同，并明确双方的权利义务关系。若用人单位拒绝补签或存在其他违法行为，员工可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
法律背景与建议：
- 员工在面临此类问题时，应首先了解自己的权益和可能的救济途径。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，员工有权向劳动争议仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付未签劳动合同期间的双倍工资（在时效内）。
- 同时，员工也应关注自己的其他劳动权益是否受损，如工资支付、社保缴纳等。若存在其他违法行为，员工可一并主张权益。
- 在实际操作中，员工可能会遇到各种复杂情况。因此，建议员工在面临此类问题时，及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果员工未能在仲裁时效内主张权利，可能会丧失要求双倍工资赔偿的机会。
- 如果用人单位存在其他违法行为，如未依法缴纳社保、违法解除劳动关系等，员工可依法要求用人单位承担相应的法律责任。