结论：是否合法需结合具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效且程序正当。
- 若公司规章制度合法且程序正当，可能合法
根据《劳动合同法》第四条，用人单位可依法制定规章制度，但需满足三个条件：
- 内容合法：不得违反法律强制性规定（如罚款金额不得超过劳动者当月工资20%）。
- 程序民主：需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定。
- 公示告知：需向劳动者公示或告知（如通过培训、签字确认等方式）。
若公司规章制度符合上述要求，且罚款金额未超过法定比例（如月工资9000元以下时，罚款900元未超20%），则可能合法。
- 若公司规章制度违法或程序不当，则不合法
以下情况可能被认定为违法：
- 罚款无依据：公司未制定书面规章制度，或规章制度未公示、未告知劳动者。
- 罚款金额超限：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者原因造成经济损失的赔偿，每月扣除部分不得超过当月工资20%。若劳动者月工资低于4500元，罚款900元可能超限。
- 程序违法：规章制度未经民主程序制定，或未与劳动者协商。
- 请假性质不符：若劳动者请的是带薪年休假、婚假、产假等法定假期，公司无权罚款。
建议行动：
- 核查公司规章制度是否满足“内容合法、程序民主、公示告知”三要素。
- 核对月工资与罚款比例，确认是否超限。
- 若公司行为违法，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁要求返还罚款。
如有进一步细节（如规章制度内容、工资水平等），可直接向我咨询，我会结合具体情况为您分析。