结论：请假不批按旷工扣三天工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了请假流程、旷工的定义以及旷工的处罚措施，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行，即请假不批按旷工处理并扣除相应工资，可能是合法的。
   • 关键点：规章制度需经过民主程序制定，且已向员工公示或告知，员工对此有明确的认知。同时，规章制度中的处罚措施需合理，不能过分苛刻或显失公平。

2. 法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保障劳动者休息休假的权利。如果劳动者因合理原因请假，且已按照公司规定履行了请假手续，但公司无正当理由拒绝批准，并因此按旷工处理扣除工资，这种做法可能违反了法律法规的精神。
   • 关键点：劳动者请假的原因需合理，且已按照公司规定履行了请假手续。公司拒绝批准请假需有正当理由，如工作安排确实无法调整等。

3. 实际操作的角度：

   • 在实际操作中，如果劳动者认为公司按旷工扣除工资的做法不合法，可以先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
   • 如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 关键点：劳动者在维权过程中需保留好相关证据，如请假条、公司规章制度、工资条等，以便在需要时提供证明。

建议：

• 对于劳动者而言，在请假前应仔细了解公司的规章制度，按照规定履行请假手续。如果公司拒绝批准请假，可以与公司进行沟通协商，了解拒绝的原因，并尝试寻求解决方案。
• 对于公司而言，应制定合理合法的规章制度，并确保这些制度得到严格执行。在处理劳动者请假问题时，应充分考虑劳动者的合理需求和工作安排，避免过度处罚或显失公平的做法。

可能后果：

• 如果公司按旷工扣除工资的做法被认定为不合法，公司可能需要补发被扣除的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的裁决。
• 如果劳动者因公司的不合法做法而离职，公司还可能需要支付经济补偿金等费用。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。