长期工只干了两个月按短期工算，这一做法通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据角度
根据《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定，工资支付应遵循劳动合同的约定及国家的法律法规。这意味着，一旦您与用人单位签订了劳动合同，并明确了工资标准、支付方式等关键条款，双方都应严格遵守。若您是以长期工身份入职，且劳动合同中未对短期工作情况有特别约定，那么用人单位单方面将您的工作期限视为短期，并据此调整工资标准，显然违反了劳动合同的约定，也侵犯了您的合法权益。
二、实际操作角度
在实际操作中，长期工与短期工在工资计算、福利待遇等方面往往存在显著差异。长期工通常享有更稳定的工资收入、更全面的福利待遇以及更明确的职业发展路径。而短期工则可能面临工资波动大、福利待遇有限等问题。因此，若用人单位将长期工的工作期限视为短期，并据此调整工资标准，不仅违反了劳动合同的约定，也可能对您的经济利益造成不利影响。
三、劳动者权益保护角度
作为劳动者，您有权要求用人单位按照合同及法律规定支付您应得的工资。若用人单位试图以短期工的标准结算您的工资，您有权拒绝并要求其按照合同约定的长期工薪资进行计算。同时，您还可以通过向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。这些途径都是法律赋予您的权利，您应积极行使以维护自己的合法权益。
四、特殊情况说明
当然，也存在一些特殊情况。例如，若劳动合同中有特别约定，或者用人单位有明确的工资计算政策规定在特定情况下按短期工资算，那么这一做法可能合法。但这种情况较为罕见，且需要满足严格的条件。因此，在大多数情况下，长期工只干了两个月按短期工算的做法是不合法的。
建议与行动指南：
核对劳动合同：首先，您应仔细核对与用人单位签订的劳动合同，明确其中关于工资标准、支付方式等关键条款的约定。
与用人单位沟通：若发现用人单位存在违法行为，您应尝试与其进行沟通协商，明确表达自己的诉求，并要求其按照合同及法律规定支付工资。
寻求法律援助：若沟通协商无果，您可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，或者向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁申请。在必要时，您还可以考虑向法院提起诉讼以维护自己的权益。
作为劳动者，您应充分了解自己的权益并积极维护。若您在劳动纠纷方面遇到任何问题或困惑，都可以直接向我咨询。我会尽我所能为您提供专业的法律建议和帮助。