长期工与短期工工资不同，在符合法律规定的情况下是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 工资差异的合法性基础

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以订立不同期限的劳动合同，包括固定期限劳动合同（如长期工）和非固定期限劳动合同（如短期工或以完成一定工作任务为期限的劳动合同）。工资作为劳动合同的重要组成部分，其数额和支付方式应由双方协商确定。因此，在双方自愿、平等协商的基础上，长期工与短期工工资不同并不违反法律规定。

2. 工资差异需遵循的原则

尽管长期工与短期工工资可以不同，但这种差异必须遵循以下原则：

• 同工同酬原则：在同一用人单位内，从事相同工作、付出等量劳动且取得相同劳动业绩的劳动者，应获得相同的劳动报酬。如果长期工与短期工从事的是相同或相似的工作，且劳动强度、技能要求等无显著差异，那么他们的工资水平不应存在无正当理由的显著差异。
• 公平合理原则：工资差异应基于合理的因素，如工作性质、岗位职责、技能要求、工作经验等。如果工资差异仅基于劳动合同期限的长短，而缺乏其他合理的解释或依据，则可能构成不公平的待遇。
• 不违反最低工资标准：无论长期工还是短期工，其工资都不得低于当地规定的最低工资标准。

3. 可能存在的法律风险

如果用人单位在设定长期工与短期工工资时违反了上述原则，可能会面临以下法律风险：

• 劳动争议：劳动者可能认为用人单位存在不公平的待遇，从而引发劳动争议。在劳动争议处理过程中，用人单位需要证明其工资设定的合理性和合法性。
• 行政处罚：如果用人单位的工资设定违反了相关法律法规的规定，如低于最低工资标准等，劳动行政部门有权对其进行行政处罚。
• 民事赔偿：在极端情况下，如果用人单位的工资设定被认定为违法且给劳动者造成了损失，劳动者还有权要求用人单位承担民事赔偿责任。

4. 建议与措施

为了避免可能的法律风险，用人单位在设定长期工与短期工工资时，应采取以下措施：

• 明确工资设定依据：在劳动合同中明确工资设定的依据和标准，确保工资差异基于合理的因素。
• 遵循同工同酬原则：对于从事相同或相似工作的劳动者，应确保他们获得相同的劳动报酬。
• 定期审查工资设定：定期审查工资设定是否符合法律法规的规定和公司的实际情况，及时进行调整和优化。

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