当您签订了三年的劳动合同，但单位发生了主体变更（比如公司被收购、合并或分立等情况）时，您不必过于担心，因为根据相关法律法规，这种情况有几种常见的解决方式，我来为您详细解释一下：
一、协商重新签订劳动合同
如果单位主体发生了变更，新单位（或原单位与新单位共同）可以与您进行协商，重新签订一份新的劳动合同。在重新签订时，您需要仔细核对新合同中的各项条款，包括用人单位的名称、法定代表人、联系电话、您的工作岗位、工作地点、工作内容、薪资报酬、休息休假权利以及违约责任等，确保这些内容都符合您的期望和法律法规的要求。
二、协商终止原劳动合同并支付经济补偿
另一种方式是，原单位可以与您协商终止原来的劳动合同，并按照相关法律法规向您支付相应的经济补偿。经济补偿的金额通常根据您在原单位的工作年限、月工资等因素来确定。在协商终止时，您可以要求原单位出具书面的终止劳动合同协议，并明确经济补偿的金额和支付方式。
三、三方协商转让劳动合同
还有一种比较常见的方式是，原单位、新单位和您三方进行协商，约定由新单位承继原单位在劳动合同项下的权利和义务。这种方式下，您的工龄通常会继续计算，且在原合同项下的权利应当得到保障。在协商转让时，您可以要求三方签订书面的转让协议，并明确新单位对您的各项承诺和保障措施。
注意事项
保持沟通：无论单位主体如何变更，您都应保持与单位的良好沟通，及时了解变更的进展和可能对您产生的影响。
保护权益：在协商过程中，您要时刻关注自己的合法权益是否得到保障，如薪资、福利、工龄计算等。
书面确认：任何与单位达成的协议或变更，都应要求单位出具书面的确认文件，以确保您的权益有据可查。
法律咨询：如果您对单位主体变更后的处理方式存在疑问或担忧，可以寻求专业的法律咨询，以获取更准确的法律建议。
总之，当单位主体发生变更时，您不必过于惊慌。通过与单位的协商和沟通，您可以找到最适合自己的解决方案，确保自己的合法权益得到保障。