协商解除合同就一份在用人单位那里，这种做法并不完全合法，存在法律风险。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同解除的书面形式要求

根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同，应当采用书面形式。这意味着，双方应当就解除劳动合同的事宜达成一致，并签署书面的解除协议。如果仅有一份协议在用人单位处，而劳动者没有持有，这可能会引发争议，因为劳动者可能无法证明双方已经就解除劳动合同达成了一致。

法律建议：为了确保双方的权益，建议用人单位与劳动者在协商解除劳动合同时，签署两份相同的书面协议，双方各执一份。这样，在发生争议时，双方都可以提供证据证明解除劳动合同的事实和条件。

2. 劳动者权益保护

如果协商解除合同的协议仅有一份在用人单位处，劳动者可能会面临无法证明自己已经同意解除劳动合同的风险。在这种情况下，如果用人单位后续否认与劳动者协商过解除劳动合同，或者对解除劳动合同的条件提出异议，劳动者可能会处于不利地位。

法律建议：劳动者在签署协商解除劳动合同的协议时，应当要求用人单位提供一份协议副本给自己。如果用人单位拒绝提供，劳动者可以考虑拒绝签署协议，或者寻求法律援助以保护自己的权益。

3. 用人单位的法律责任

如果用人单位未与劳动者签署书面的协商解除劳动合同协议，或者协议仅有一份在用人单位处，这可能会被视为用人单位未依法与劳动者解除劳动合同。在这种情况下，如果劳动者提起劳动仲裁或诉讼，用人单位可能会面临支付赔偿金、继续履行合同等法律责任。

具体后果：根据《劳动合同法》的相关规定，如果用人单位非法解除劳动合同，需要向劳动者支付赔偿金，赔偿金通常是经济补偿金的两倍。此外，劳动者还有可能要求继续履行合同，这会给用人单位带来更大的法律风险和经营成本。

法律建议：用人单位在协商解除劳动合同时，应当严格遵守法律法规的规定，与劳动者签署书面的解除协议，并确保双方各执一份。这样，不仅可以避免法律风险，还可以维护用人单位与劳动者之间的良好关系。

4. 实际操作中的注意事项

• 确保协议内容明确：协商解除劳动合同的协议应当明确双方的权利和义务，包括解除劳动合同的时间、条件、经济补偿等。
• 保留证据：双方应当保留好协商解除劳动合同的协议副本以及其他相关证据，以备不时之需。
• 及时办理手续：在协商解除劳动合同后，用人单位应当及时为劳动者办理离职手续，包括结算工资、缴纳社会保险等。

总结与提醒：协商解除合同就一份在用人单位那里的做法并不合法，也存在较大的法律风险。为了确保双方的权益，建议用人单位与劳动者在协商解除劳动合同时，签署两份相同的书面协议，并各自保留一份。如果您在协商解除劳动合同过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。