核心结论：从法律和实务角度，您目前的情况存在两种可能性，需结合具体情况判断后续处理方式。以下是具体分析：

1. 若老板未扣钱是“主动豁免”

根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位与劳动者协商一致后，可对迟到、旷工等行为不扣减工资。若老板明确表示“这三天不扣钱”（如口头承诺、微信记录等），则属于双方对工资支付的合意调整，您无需主动补缴或返还。
建议：保留老板未扣钱的证据（如工资条、聊天记录），避免后续争议。

2. 若老板未扣钱是“疏忽或遗漏”

若老板因管理疏忽未扣减工资，理论上仍可依据公司规章制度或劳动合同要求补扣。但实务中，若老板未在发薪后及时主张（如超过1个月），可能被认定为“默认放弃追偿权”，此时您无需承担责任。
建议：

• 若公司后续要求补扣，可协商分期或部分减免（如因疏忽导致您已使用该笔资金）；
  
• 若公司以“严重违纪”为由解除合同，需核查规章制度是否合法（如是否经民主程序公示）。

3. 潜在风险提示

若您未履行请假手续或旷工三天，公司可能依据《劳动合同法》第三十九条以“严重违反规章制度”为由解除合同。此时，未扣工资可能被作为“从轻处理”的证据，但不影响解除的合法性。
建议：核查公司规章制度中关于“旷工”的界定（如连续3天是否构成严重违纪），避免因程序瑕疵导致解除违法。

总结：目前您无需主动处理，但需保留相关证据。若公司后续主张权利，可结合具体情况协商或依法应对。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。