结论是：公司扣留您的残疾证是不合法的，您有权挂失并补办新的残疾证。以下是从不同角度为您进行的分析：
一、公司扣留残疾证的合法性分析
- 残疾证的性质：残疾证是证明您残疾身份和享受相关优惠政策的重要证件，属于您的个人物品，您对其享有占有、使用和处分的权利。
- 公司行为的合法性：公司无权扣留您的残疾证。这种行为可能侵犯了您的个人财产权，同时也可能违反了相关劳动法规中关于保护劳动者权益的规定。
二、您应对公司扣留残疾证的权利与措施
挂失与补办：
- 挂失：由于残疾证是您的个人证件，一旦丢失或被扣留，您有权向相关部门（如当地残联或发证机关）申请挂失，以防止证件被滥用。
- 补办：在挂失后，您可以按照相关规定申请补办新的残疾证。补办流程可能因地区而异，但通常需要提供身份证明、残疾证明等相关材料。
与公司沟通：
- 在采取挂失和补办措施之前，您可以尝试与公司进行沟通，明确表达您对公司扣留残疾证行为的不满，并要求公司立即归还证件。
- 如果公司拒绝归还或态度恶劣，您可以考虑采取进一步的法律措施。
法律途径：
- 如果公司扣留残疾证的行为给您造成了损失或侵害了您的权益，您可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
三、可能面临的法律后果与风险提示
- 公司法律责任：如果公司扣留残疾证的行为被认定为违法，公司可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
- 您应注意的事项：
- 在挂失和补办残疾证的过程中，请确保提供真实、准确的材料和信息，以避免因虚假申报而引发的法律责任。
- 如果您决定通过法律途径维护自己的权益，请务必保留好相关证据，如公司扣留残疾证的证明、沟通记录等，以便在需要时提供给相关部门或法院。
建议：您应尽快采取挂失和补办措施，以保护自己的合法权益。同时，也可以考虑与公司进行沟通或寻求法律援助，以更有效地解决问题。如果您在此过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会尽力为您提供帮助。