可以起诉，但需明确起诉方向和法律依据。针对您描述的情况，我将从多个角度为您分析：

1. 关于超市索赔1000元的合法性

• 法律依据：根据《治安管理处罚法》第四十九条，盗窃公私财物的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。但超市并非执法机关，无权直接对您处以罚款或索赔。
• 超市行为性质：超市要求您支付1000元，可能基于其内部规定或认为您应承担的赔偿责任。但若该金额远超实际损失（如商品价值50元），超市的行为可能涉嫌敲诈勒索或过度索赔。
• 您的应对：若您已支付1000元，可要求超市出具书面收据或赔偿协议，明确款项性质（如“赔偿款”）。若超市拒绝，您可保留转账记录等证据，后续通过法律途径主张权利。

2. 您能否起诉超市？

• 起诉方向一：主张返还超额赔偿
  • 法律依据：根据《民法典》第一百二十二条，因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。
  • 适用情形：若超市索赔的1000元远超商品实际价值及合理损失（如商品成本、运输费等），您可起诉要求返还超额部分。
  • 证据要求：需提供商品价值证明（如小票、市场价查询）、超市索赔证据（如录音、聊天记录）及支付凭证。
• 起诉方向二：主张超市侵权
  • 法律依据：若超市在索赔过程中采取威胁、辱骂等手段，侵犯您的人格权（如名誉权、隐私权），您可依据《民法典》侵权责任编起诉。
  • 适用情形：需证明超市行为超出合理维权范围，造成您精神损害或社会评价降低。

3. 关于盗窃行为的法律后果

• 行政处罚：根据《治安管理处罚法》，盗窃行为可能面临拘留、罚款。但您已支付赔偿，若超市未报警，公安机关可能不会主动介入。
• 刑事立案标准：根据司法解释，盗窃公私财物价值1000元至3000元以上可立案。您的情况未达刑事标准，但若存在多次盗窃、入户盗窃等情节，可能构成犯罪。

4. 建议行动步骤

• 收集证据：保留商品、支付凭证、超市索赔记录（如录音、文字）等。
• 协商解决：可尝试与超市协商，要求出具赔偿明细或返还超额部分。
• 法律途径：若协商无果，可向法院起诉，主张返还不当得利或赔偿侵权损失。

5. 注意事项

• 时效性：民事诉讼时效为三年，自您知道权利受损之日起计算。
• 律师协助：若案件复杂，建议委托律师处理，以更好维护权益。

总结：您有权起诉超市，但需明确起诉方向（返还超额赔偿或侵权赔偿）并准备充分证据。若您需要进一步帮助，可直接向我咨询，我将为您提供专业法律支持。