同一个公司不同的分店发工资不统一，并不直接构成违法，但需视具体情况判断其合法性。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 工资发放的合法性基础

工资发放的合法性主要依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。这些法律并未明确规定同一公司不同分店必须统一工资标准，而是强调了工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，从法律条文的角度看，不同分店发工资不统一并不直接违法。

2. 工资差异的合理性判断

虽然法律未强制要求统一工资，但工资差异必须基于合理的理由。这些理由可能包括但不限于：

• 地区差异：不同分店所在地区的经济发展水平、生活成本等存在差异，可能导致工资水平不同。
• 岗位差异：不同分店可能设置不同的岗位，这些岗位的工作内容、职责、技能要求等可能不同，从而导致工资差异。
• 绩效差异：公司可能根据分店的业绩、员工的工作表现等设定不同的绩效工资，这也是导致工资差异的一个常见原因。

如果工资差异是基于上述合理理由，并且公司能够提供充分的证据来支持这种差异，那么这种差异是合法的。然而，如果工资差异缺乏合理依据，或者公司无法提供充分的证据来支持这种差异，那么这种差异可能构成违法。

3. 劳动合同与规章制度的重要性

在判断工资差异是否合法时，劳动合同和公司的规章制度起着至关重要的作用。劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了不同分店的工资标准或工资差异的计算方式，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种差异是合法的。

同样，公司的规章制度也是判断工资差异是否合法的重要依据。如果公司的规章制度中明确规定了工资差异的合理性和计算方式，并且这种规定已经通过民主程序制定并公示给劳动者，那么这种差异也是合法的。

4. 可能的法律后果

如果公司无法提供合理的理由来支持工资差异，或者这种差异违反了法律法规的强制性规定，那么劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。在这种情况下，公司可能面临支付差额工资、赔偿损失等法律后果。

建议与总结

• 对于公司：应确保工资差异基于合理的理由，并在劳动合同和规章制度中明确规定。同时，应保留充分的证据来支持这种差异，以避免可能的法律纠纷。
• 对于劳动者：如果发现自己的工资与其他分店存在不合理差异，应首先与公司沟通协商。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总之，同一个公司不同的分店发工资不统一并不直接构成违法，但必须基于合理的理由并在劳动合同和规章制度中明确规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。